耿仲明很快查出了那些私自逃亡的部下，并且统出了三百多号相关人员，耿仲明将这些向顺治皇帝上报，并且自己上书认罪。

朝廷的大臣们开始商量该给耿仲明怎样的惩罚，有的说直接给耿仲明定下杀头之罪并且将耿仲明的爵位官位一一拿掉，但是顺治皇帝念着耿仲明屡屡立下大功，于是从宽处置耿仲明，免他死罪，并且就连耿仲明的部下也免了死罪，但是耿仲明并不知道这一消息，在耿仲明回江西刚到达后，就自己自杀了。

所以这么一来，耿仲明的确是自杀而死的，但是历史记载终究是借于他人之手而写下的，实际上的当时情况可能也只有当时的古人才清楚了，毕竟当时的耿仲明官大权大，还是当时的三藩势力之一，想要夺他性命的人无不借着机会想削掉这个朝廷大将。

好在耿仲明死后，顺治皇帝还是将他的亲属好好的安顿起来，就连头爵也没有削掉，耿仲明死后由耿仲明的儿子耿继茂继承靖南王爵位。