舒尔哈齐一生中娶妻十一位，育九子，十二女。然而他在于与其兄矛盾加深之后，带领其长子，三子外出自立门户于与其兄抗衡。在其几个儿子和心腹的帮助下在黑扯木建立军事基地，又与明朝暗中勾结，被明朝封为建州右卫首领，成为辽东地区的最高军事指挥者。

1960年舒尔哈齐在其兄的努尔哈赤的迫害下相继失去了两个儿子，自己也被俘虏，被关押起来，于1611年死于囚牢之中，逝世时仅四十八岁。葬在永陵。不过他余下的几个孩子未被问责，逃过一劫，顺治年间，清政府追封他为和顺庄亲王。

爱新觉罗·舒尔哈齐可以说是创建清朝的第二功臣了，在其兄爱新觉罗·努尔哈赤领导下杀掉杀父仇人，统一关外各部建立女真。辅佐清太祖建立清王朝。