太元十九年，慕容垂有感自己年事已高，欲立其子慕容宝为太子，令他继承大统。段元妃素来与太子不睦，趁机对慕容垂进谏，说慕容宝姿质雍容，优柔寡断，在太平盛世固然是仁明君主，然而在国家危难之时，却不具备济世救民的雄才伟略，建议陛下重新考虑太子人选。这些话传到慕容宝的耳朵里，自然对段元妃痛恨不已。

所幸慕容垂并未听取这妇人之言，慕容宝的太子之位才不至于被废除。太元二十一年四月，成武帝驾崩，太子慕容宝继位，遂派赵王慕容麟逼迫段元妃自尽。此时先帝已死，无依无靠的段元妃为保全段氏一族，只得绝望自尽。段元妃死后，慕容宝不愿背上逼杀庶母的恶名，为平息前朝舆论，仍旧以皇后之礼将其安葬，谥号“成哀皇后”。