终于，在唐朝统一后，秦琼疾病缠身，身体日渐衰弱，最终病死床前。一个戎马半生的将领，最终于贞观十二年因病而死，不得不叫人唏嘘。秦琼死后，李世民悲伤无比，随后又追封为徐州都督、胡国公。将其画像置于唐朝专门悬挂唐朝有功之臣的凌烟阁内。