菲律宾独立战争可分为两个阶段。
1896年8—12月为第一阶段。
8月26日，在“不战胜毋宁死”和“菲律宾独立万岁”的口号声中，人民开始举行起义，菲律宾独立战争正式爆发。期间起义军主要使用旧式步枪、大刀、长矛、木棍和石块作战，且大多数人未受过正规的战术训练。此时，西班牙军队在菲只驻有1500人，其中700人驻在马尼拉，另有菲籍辅助军6000人，还有10艘军舰组成的舰队。西班牙军队人数虽然不多，但装备精良，训练有素，战斗力强。此间，菲律宾全民奋起，起义达到高潮。巴林塔瓦克、吕宋、棉兰姥和苏禄等地相继爆发了武装起义。起义中心在吕宋岛。菲地主和资产阶级保守派的代表艾米利奥·阿奎那多响应波尼法秀的号召，于8月31日在甲米地发动起义，打败了西班牙军，占领甲米地全境。
9月，击溃了西班牙阿吉雷指挥的军队。11月，起义军在诺维莱塔和比纳卡扬击溃了总督布兰科指挥的增援部队。这些胜利，极大地振奋了人民的斗志，各地起义军加紧进攻，几乎占领了吕宋岛全境，并包围了马尼拉。
此时，菲律宾革命遇到了暂时挫折。西班牙当局为了加紧镇压菲律宾革命，于12月撤换了原总督布兰科，任命波拉维夏为菲律宾新总督。同时，从国内调来大批援军，并在菲组建由当地人组成的“忠诚志愿兵营”。此时，波拉维夏共有3．6万人。他计划以精锐部队集中攻打起义中心甲米地，切断甲米地与其他各省的联系，再各个击破其他地区的起义。
1897年2月，西军分兵三路向甲米地发起进攻。在敌人进攻面前，菲起义军奋起反击，扼制了敌猖狂进攻势头，毙伤敌军1150人，但终因力量对比悬殊，被迫撤退，西军占领了起义军的若干据点。4月23日，里维拉接任波拉维夏为新的菲律宾总督。然而，正当战争紧张进行之时，革命队伍内部发生了分裂。以阿奎那多为首的地主、资产阶级害怕农民革命会危及到自己的利益，为阻止革命深入发展，于1897年5月10日杀害了波尼法秀，篡夺了革命的领导权，并取消了“卡蒂普南”，起义阵营受到严重削弱。5月18日，西军占领甲米地全省，菲律宾革命政府迁到了布拉干的破石洞，继续领导抗战。起义军名将纳蒂比达在阿利亚加战役中击败了西军的进攻，在中吕宋7个省都建立了革命政权。
1897年11月2日，起义军成立了菲律宾共和国，并宣布了临时宪法，阿奎那多任总统。这时，总督里维拉看到镇压已无希望，便向起义者诱降。阿奎那多在殖民者和买办资产阶级的威胁和利诱下，欲与敌妥协，于12月14日与殖民当局签订了《破石洞条约》。阿奎那多从西班牙人处得到80万比索，同意缴械投降，自动解散政府，然后流亡香港。菲律宾独立战争遇到了暂时的挫折。但是，菲律宾人民争取民族独立斗争并未停止。起义军中不愿投降的将领马卡布洛斯等人率军反攻，解放了菲律宾中部的广大地区。
正当菲律宾人民同西班牙殖民者进行艰苦战争之际，美国发动了对西班牙的美西战争。这样，美国军队也参加了在菲律宾对西班牙的作战，并插手菲律宾独立战争。1898年5月2日，美国海军在马尼拉湾歼灭西班牙舰队。不久阿奎那多乘美国军舰返回菲律宾。阿回国后，即号召菲律宾军队向西班牙殖民军发起进攻。至5月底，菲军攻占了甲米地全省，全歼西军2800人，俘获西军司令培尼亚将军。6月12日（即今菲律宾国庆节）阿奎那多在甲米地发表独立宣言，宣布菲律宾独立，成立了以阿为首的中央政府。到1898年8月，除马尼拉和南部某些地区外，菲军几乎解放了全部领土。这时，美军却阻挠菲军收复马尼拉，在私下里同西班牙总督达成秘密协定，西班牙把马尼拉“转让”给美国，由美海军陆战队在马尼拉登陆，
并迫令菲军撤出马尼拉地区。尽管如此，菲军在各地继续向西班牙军发动进攻。1898年9月15日，菲议会在马拉洛斯举行，制定了宪法。11月29日，菲律宾通过了宪法。1899年1月23日，菲律宾共和国宣告成立，阿奎那多任总统，马比尼任内阁主席。菲律宾共和国的成立，标志着西班牙在菲300年的殖民统治的结束。菲律宾独立战争中的反西班牙战争，以菲人民的胜利而告终。
然而，前门驱狼，后门进虎。此时，美国又开始大举入侵菲律宾。1899年2月4日，美军经过充分准备后突然向马尼拉市郊的菲军发动进攻。2月5日，菲律宾共和国向美国宣战，菲人民抗美战争（菲美战争）正式爆发。菲军民英勇抵抗，用正规战和游击战等多种方式打击敌人。三年内歼灭美军近万人。1901年3月，在美军的镇压下，菲南部各岛先后被美军占领。1901年3月21日，在菲律宾最后的首都帕拉南失陷后，阿奎那多被俘投降，并使许多游击区的司令斗志瓦解而缴械。菲律宾第一共和国失败，作为有组织的统一领导抗美战争告一段落。1902年7月4日，美国驻菲总督阿瑟·麦克阿瑟宣布：美菲战争结束了。但是，菲律宾人民斗争仍未止息。1903年至1908年菲律宾共爆发50多次大的武装起义，出现近390个反美组织。