朝鲜备边司设立于1510年，其设立有一定的历史背景。备边司设立之初几乎没有任何的权力，直到后来，备边司才慢慢成为一个独立的、权力较高的正规机构，备边司也从最初只处理一些边防军务到主要国政都归其管理，这就是备边司的变迁史。
背景
从朝鲜王朝初期开始，政治体制是政务与军务区分，文武官职分明，武官不干涉政务。政务方面，民政、军政皆由议政府负责处理，二品以上文官议决实行。但朝鲜成宗时，由于“南倭北虏”，即倭寇和女真的持续侵入已成为朝鲜王朝的心腹忧虑，无法谋求只由兵曹的文官来制定正确的对策，于是在边境事务上，特命曾任庆尚道、全罗道、平安道、咸镜道观察使、水使的精干的从二品以上武官也可参与，与文官协商军事方略。这些武官被称为“知边宰相”。
设置
1510年（朝鲜中宗五年），由于发生三浦倭乱，朝廷设置道体察使，复在1517年（朝鲜中宗十二年）6月于兵曹内置一司，对从事官负责其事务，被称为“备边司”。当时的备边司自身没有任何权力，仅为兵曹之三司以外临时设置的一司，设置与废止也和道体察使的任命、卸任一同实现。此后备边司为每逢外侵时编成之临时官厅，非一般官制上的官厅。如1524年（中宗十九年）击退侵入闾延、茂昌的野人女真时，1544年（中宗三十九年）蛇梁倭变时，1555年（朝鲜明宗十年）乙卯倭变时等，其余只在发生重大边防事件时活动。
变迁
1554年（朝鲜明宗五年），备边司作为正规官厅而成为独立的永久性协议机关，并于翌年（1555年，即明宗六年）设置厅舍，确立都提调、提调、郎厅等职。此时由于除边防军务以外的全国军务也都归备边司处理，作为主务大臣的兵曹判书和作为国家最高行政机关的议政大臣也掀起了关于批评设立备边司导致其军机军务无从得知的弊端，从而超越了行政体制，进而要求废止备边司的论争。
但是从壬辰倭乱时起，议政府（含前任政丞）与工曹除外的五曹判书、参判开始兼任备边司职，五军门之将、各军营大将、大提学、四都（开城府、江华府、水原府、广州府）留守等国家重臣也开始参与备边司会议。
备边司的权限在壬辰倭乱、丁酉再乱之后得到极大强化，一般行政诸如政治、经济、外交、国防、人事、交通、邮传等主要国政皆由其议决，甚至具备代替议政府的职能。议政府与备边司开始并称堂庙，成为国家的最高权力中枢机构。
备边司历经：朝鲜中宗、朝鲜仁宗、朝鲜明宗、朝鲜宣祖、光海君、朝鲜仁祖、朝鲜孝宗、朝鲜显宗、朝鲜肃宗、朝鲜景宗、朝鲜英祖、朝鲜正祖、朝鲜纯祖、朝鲜宪宗、朝鲜哲宗、朝鲜高宗、朝鲜纯宗共十七朝，直到高宗兴宣大院君摄政，由于认识到上述备边司职能的扩大与强化导致已议政府和六曹为中心的行政体制紊乱，才于1864年（朝鲜高宗元年）将除外交、国防、治安相关以外的一切政务议决大权移转回议政府，并于翌年将其撤销。以后大院君复活三军府制度，改由三军府处理军务。