世人对英诺森三世评价褒贬不一,有人认为他是一位很了不起的教皇,有人则认为他不过是利用了人们敬畏宗教的心理,满足自己对至高无上的权力的欲望、披着一层光鲜亮丽的外衣的人。
客观来说,英诺森三世评价应该从以下几方面来说:在教务方面,他创立了一系列教会改革的条规,制定了神职人员任免制度和基督教礼仪。并且组织召开了第四次拉特兰公会议;在政治方面,他蓄意挑起德意志内战,收复德意志、意大利占领的管辖地,作为教廷的管辖区。
以西西里国王年幼为理由,肆意干政,将统治大权掌握在自己手里。由于当时英国的诸侯大臣对国王约翰不满,英诺森三世趁机迫使约翰臣服于教廷,并每年进行上贡;
在军事方面,英诺森三世建立了十字军军团,他是欧洲历史上第一个拥有军队的教皇,并且数次组织十字军东征,武力镇压异教徒。还发明了一系列迫害异教徒的手段刑法,喊着上帝的口号,残忍地迫害了许多人。从以上事件来看,英诺森三世是一个崇尚权力、聪明的人,给基督教留下了好坏参半的遗产。