因为政变，对外战争的激进攘夷路线被否定，但日本朝廷仍然继续着攘夷的政策。并且在这种形势下，日本各地的尊皇攘夷中期望长州藩复返京都政局的呼声高涨。随着事态的发展在7月19日的时候，在京都蛤御门的附近，长州藩的军队与会津藩以及桑名藩的军队发生了冲突，也是由此点燃“禁门之变”的战火。

在战争中，长州藩一度突破了被把守的中立卖门，直接攻入了京都。可是由于萨摩藩军队赶到之后，形势发生了转变，长州藩军队大败。战败的长州藩在决定撤退之前防火烧了附近的民宅，并且北起一条通，南至七条的东本愿寺的广大范围内的街区、神社、佛寺等都遭到了焚烧。