希帕提娅阅读了亚里士多德和柏拉图等很多古希腊著名哲学家的著作，在这众多思想中，希帕提娅更偏向于认同柏拉图的“理念”论，特别是“理念数论”的主张。在她17岁的时候，希帕提娅就参加了关于芝诺悖论的辩论。芝诺悖论是公元前5世纪爱利亚学派的哲学家芝诺为否认运动而提出的论证，其中有一个就是“阿基里与龟悖论”。希帕蒂娅指出，这一悖论的错误，关键在于它预先设定了两者之间所用的时间是不同的，而阿基里的时间明显不足。

在雅典的学院里学习普罗提诺的新柏拉图主义时，希帕蒂娅认为哲学应该与科学，尤其是数学互相结合，但新柏拉图主义中则认为世界不可知的神秘主义成分并不可取，它只可能带来禁锢科学脚步的负面影响，并没有任何正面影响。在公元前400年左右，年仅30岁的希帕提娅就已经成为了亚历山大新柏拉图学派的领袖。

希帕提娅不但在文学与科学的领域中有很深的造诣，在哲学思想当面也是远远超越与她同代的哲学家们。她承继了柏拉图与普罗提纳斯的学派，向听讲者阐述他们的哲学理念。