明代医政管理受中央集权思想的影响，出现了医药集中统一管理的局面。宫廷医药机构御药房、生药库、安乐堂、典药局及王府良医所、地方医学教育机构等都与医药管理中枢太医院发生直接的或间接的联系。与医药有关的事宜，一般都经过太医院的协调处置而后实行。

两京太医院均下设惠民药局和生药库，这些机构也分别设大使、副使等官，这些医官一般由太医院委派。太医院的工作一般受礼部制约。明朝太医院的功能概况起来主要有以下6个方面：

（1）负责贯彻皇帝的医药诏令：封建社会中的医药政策基本上以皇帝的医药诏令为主要内容，因而医政管理机构很少独立制订政策，但是具有执行或监督执行政策的职责。尽管有时通过礼部或直接向皇帝提出题奏，经获准后方变为政策而行贯彻，但其主要的职责还是受命于皇帝而行事。如嘉靖二十年五月丁酉，因京师疫疠流行，皇帝命太医院差官顺天府措置药物，设法给惠。太医院遵照旨意，组织实施办理。另如万历十五年太医院奉皇帝命选良医分拨五城诊视给药。如此等等，都说明了太医院具有奉皇帝诏令而行事的职能。

（2）医生的征召、选任、罢黜：明代医生的征召选任罢黜权利由太医院掌握。万历二十一年(1593)五月，礼部题奏太医院管理医生的六项职责得到了皇帝认可。这六项职责是：“一预授填注，二分科顶利，三内外通叙，四大考等第，五甄别医官，六收补习学”。这六项职责实际上是对明代太医院医生管理职责的一个总结。

（3）医官的差派：明代太医院不仅负责征召选任罢黜医生的工作，而且还负责向诸王府良医所、全国各府、州、县、监狱、国子监、会同馆、边关卫所、村镇等选派医生。一般选派的办法大致与隆庆期间的规定大同小异。隆庆五年(1571)规定：内府、书堂等处准照边关事例，一年一换。边关差1次，相当于书堂等处差2次，都按2年论，9年期满升职。万历二年(1574)，又规定应差人员的先后次序为先及内殿考出二等医生，次及二等冠带医士年资较深者，再次及内殿考出三等医士。考出的一等医士则大都补充御医队伍。

（4）皇室医疗服务：为皇帝及皇室人员的医疗服务，这是太医院的一项重要功能。凡太医院院使、院判、御医等，每天要在内府御药房分两班轮值供事。帝王出巡则由太医院官随从侍俸，如永乐六年(1408)八月，礼部议奏皇帝巡狩事宜内，就有拟定随从太医院堂上官2员、御医2员、生药库2员、吏目3人，医士选择2/3等内容。除皇帝个人的医疗保健外，皇子、宫妃、大臣、外宾等患病也常由太医院选派良医前往诊视。洪武二十六年(1393)还规定：凡内外官吏有告老疾者，付太医院转行惠民局委官相视，明白具奏。如不堪医治，奏放为民。如急难医治，具奏放回原籍，等痊愈时再听候吏部任用。

（5）医生的培养教育：明代中央没有专设医学教育机构，医学生的培养任务也由太医院兼管完成。但此时太医院医学生数量远比不上唐宋，且其主要目的是为太医院培养医生，而为社会培养医生的任务主要由地方来承担。

（6）对其他医药机构的管理机制：太医院对御药房的管理是通过选派太医院御医兼任御药房提督太监等职的形式实现的。对生药库、惠民药局、安乐堂、典药局等医药机构的制约也是通过御医兼职或由太医院提名委派医官任职的形式实现的。通过这种协调、制约，使明代医药管理初步形成了一种有机的体系，杜绝了各行其事的弊端。