比利时《宪法》规定，国王为武装力量最高统帅，国王通过国防部和总参谋部对全国武装力量实施领导指挥。在和平时期，国王授权国防大臣领导全国武装力量。议会负责批准国王预算和与军事有关的法律。政府负责制定防务政策。

内阁防务委员会是最高军事决策机构，同时是国王的最高防务咨询机构，成员包括首相、国防大臣、外交大臣、内务大臣等，由首相任主席。“国内防务问题委员会”是协调内阁各部防务事宜的机构，由军人、外交官和公职人员专家组成，直接对首相负责，为内阁防务委员会会议做准备工作，战时改名为“防务技术秘书处”，协助内阁对防务问题做出决策。

作为政府中的一个部，国防部是比利时武装力量最高领导机构。国防大臣在首相的领导下，负责制定和执行防务政策，领导国防建设和军队建设。总参谋部是最高军事指挥机构（1830～1958年间，比利时的军队由战争部领导。1958年后创建总参谋部），下辖陆、海、空军参谋部和卫生部队参谋部。

由于比利时各兵种均有各自的参谋部，其下设不同的职能部门，这使军队指挥结构多有重叠。因此，比利时国防部计划将全军的指挥机构统一化。2002年，国防部下设的国防参谋部取代了原有的总参谋部，成为最高军事指挥机构，直接领导海军、陆军、空军和卫生部队的各个部门。这样便实现了精兵简政，压缩国防开支。

武装力量由正规军和预备役部队组成。正规军分陆军、海军、空军和卫生部队四个军种。由于比利时军队大部分兵力平时已经编入北约中欧司令部序列，故战时实际上归北约盟军最高司令部指挥。

比利时现任武装力量最高统帅是国王菲利普一世（2013年7月即位）；国防大臣为范德普（Steven Vandeput）；现任国防参谋长为范卡伦贝格（Van Caetenberge，2014年上任）。国防参谋部下设人事部、预算部、作战部、物资部、设备部，以及负责采购、情报与安全的职能部门。国防参谋长是武装力量的最高长官和国防大臣的主要助手。他在政府制定的框架内负责军队的建设和管理。此外，海、陆、空三军都设有参谋长。