(二)该战区对江南匪部，应照前定计划，妥为部署。如发现江北匪伪竟敢进攻兴化，或至期限该军仍不遵令北渡，应立即将其解决，勿再宽容!
12月16日，曹甸战役因八路军、新四军无法取胜而草草收场。
受此鼓舞，国民党军方领导人想在军事上彻底解决中共威胁的愿望愈发强烈。何应钦直接上书蒋介石，要求第三战区应准备“立即将江南新四军予以解决”。胡宗南干脆拟定了进攻中共“首都”延安的作战计划，并密电蒋介石，要求蒋乘正面敌情“甚和缓”之机，“调整战略配置”，增调部队到陕甘，以“应付非常事变”。白崇禧扬言：“此次对于军事已有把握，不至再败”，并力主由第三战区和皖北桂系军对皖南新四军实施南北夹击。
基于抗日大局的需要，蒋介石对军事将领的种种要求，坚不松口。他的基本方针是：“一面则准备军事，一面则仍主政治方法解决，不使全面破裂。”问题是，手令既下，时限既定，已成骑虎之势。批准了军令部的《剿灭黄河以南匪军作战计划》，就意味着国民党军必定会对黄河以南抗命不遵的中共军队展开行动，届时国共之间难免会出现全面破裂的危险。
事实上，蒋介石敢于批准军令部的计划，很大程度是基于对苏联政策的估计。在他看来，中共的态度受苏联的影响很大。而苏联与日本此时关系紧张，对国民政府则态度友善，他相信，即使发生战事，至少“中共当不致扩大叛变”。但他毕竟没有十成的把握，为此，他不得不尽力限制冲突烈度，以便在万一必须驱赶中共军队的情况下避免破裂两党关系。因此，他绝不同意胡宗南的陕北作战计划，坚持其他地方必须暂取守势，且希望实施《剿灭黄河以南匪军作战计划》时，能把战事局限在“中央提示案”所规定的部队移动范围之内，以便师出有名。
计划批准后，见新四军仍无按期北移的决心，蒋介石明显感觉事情会闹大。12月25日，他专门召见了中共代表周恩来，以“极感情的神情”向周透露了他的担心，告诉周说：“你们一定要照那个办法开到河北，不然我无法命令部下。苏北事情闹大了，现在谁听说了都反对你们。他们很愤慨，我的话他们都不听了。”他暗示周，再不听令怕难免一战，并说：“我也不愿意内战，不愿意自相残杀，问题是新四军如果非留在江北不可，大家都是革命的，冲突决难避免，我敢断言，你们必失败”。
《剿灭黄河以南匪军作战计划》经蒋批准后，顾祝同于12月20日密令所部，分途向皖南新四军驻地集结包围，构筑碉堡，只待蒋一声令下，便“彻底肃清匪巢”。
然而，对北移路线中共内部一直争论不休，没有明确方案。蒋介石的意思是新四军原地直接北渡，顾祝同也让李品仙做出了放行的姿态，一定程度上解除了中共的顾虑。毛泽东在27日的电报中肯定了直接北渡的方案，只是提醒叶项“仍需对桂军戒备，以防袭击”。
但人在重庆的周恩来对此并不乐观。在给中央的电报中，他称“李品仙已在布置袭击我的阴谋”。据党史专家杨奎松分析，这个论断源于12月25日周恩来得到的一份第二十一集团军关于分区清剿计划的情报。事实上，这一计划只是为了防止新四军北渡后不依照命令北上，“延留滋扰”而设计的。但周恩来不敢掉以轻心，他坚持最好分批走苏南北渡，这与叶挺的方案不谋而合。