不久，宋文帝诛杀徐羡之、傅亮与谢晦之子谢世休，并收捕谢晦的弟弟谢皭与侄子谢世平、谢绍。谢晦得知后，先为他们发丧，然后上表诉冤，并要讨伐奸臣王华等人。宋文帝宣布戒严，命各路军队讨伐谢晦。当时，谢晦的舰队从江津一直延伸到破冢（今湖北江陵县东南长江东岸），声势浩大，谢晦感叹道：“可惜只不是勤王的军队。”[20]
谢晦到达江口后，击破驻军彭城洲的朝廷将领到彦之，并再次上表自辩，表示只要皇帝诛杀王华等人，自己便罢兵回镇。后来，宋文帝将讨逆重任交给檀道济。谢晦得知后，惶恐不安，手足无措。
    檀道济到达后，与到彦之合兵。谢晦见他们的船只不多，十分轻视，并没有马上出战。到了晚上，官军的船队连接不断，将长江封锁，谢晦军更加没有斗志。官军到达忌置洲（今湖北洪湖西南长江北岸）时，谢晦军不战而溃。谢晦投奔巴陵（今湖南岳阳），找到一只小船才回到江陵（今湖北荆州）。当时，周超却已经在沙桥大败官军。[23]
谢晦回到江陵后，表示愧对周超。周超当夜便离开江陵，只身投降到彦之。谢晦见部众溃散，只好带着弟弟谢遯、侄子谢世基等七人北逃。谢遯身体肥胖，不能骑马，谢晦常要停下等候，所以走的很慢。当他们跑到安陆延头（今湖北大悟东南）时，被光顺之抓住，用囚车送往建康。
谢晦被送到建康后，与弟弟谢皭、谢遯、侄子谢世基、谢世猷以及已经投降的周超等人一起被杀。
    临行刑前，谢世基赋诗道：“伟哉横海鳞，壮矣垂天翼，一旦失风水，翻为蝼蚁食。”谢晦为其续道：“功遂侔昔人，保退无智力。既涉太行险，斯路信难陟。”谢晦的女儿彭城王妃，前来诀别时哭道：“父亲，大丈夫应该死在战场上，怎么在闹市被杀？”说完哭晕过去。谢晦死时，年仅三十七岁。