此时，农民军抵抗不住官军的剿杀，逐渐向山西流窜。朝廷随后调遣曹文诏进入山西境内围剿，命令山西、陕西的众多将领均受其节制。曹文诏因此在陕西境内行动更加顺利，然而大厦将倾，独木难支，明廷没有办法解决关键的百姓生存问题，经常出现灭亡一批又出现另一批叛军，如同割草一般，越割越多，曹文诏四处救急，哪里出现敌情，哪里就会出现他的身影。

　　曹文诏作战勇猛，颇有谋略，常用计谋，多设伏兵，打的都是歼灭战，经常擒杀俘虏农民军首领。他虽然武功了得，但是文功稍欠火候，是一个很彻底的武人思维。曹文诏一直与御史刘令誉不和，而当刘按察河南时，曹也是相当的不给面子。从战场下来后，与其话不投机，竟然当面斥责刘令誉，拂衣而走。殊不知搞御史的人相当小气而且具有极大的弹劾权力，刘令誉恼怒的参了一本，将四川石砫土司马凤仪军队覆灭的责任推到曹文诏的身上，迫使其调往大同抵御清军，而这一纸调令也使曹文诏的军旅生涯跌入低谷。

　　崇祯七年七月，清军入关进入了大同境内，攻陷得胜堡，曹文诏同总督张宗衡在怀仁坚守。但曹文诏缺乏同清军的作战经验，八月大意轻敌向清军挑战，失败而回，随后灵丘以及其他屯兵的城堡大多也都失陷。十一月朝廷追究各将的罪责，曹文诏、张宗衡以及巡抚胡沾恩一同被定罪充军到边地的卫所。命令刚下达，曹文诏的贵人山西巡抚吴甡再次上书推荐文诏知兵善战，请求把他安排到山西来。朝廷也苦于统兵将领不足，怜惜其军事才能，就命令他做援剿总兵官，让其立功赎罪。武人最重信义，曹文诏为报答吴甡之恩，竟违抗皇上旨意先取道太原进入山西境内帮助吴甡围剿农民军。

　　崇祯八年一月，洪承畴率主力出潼关，在河南信阳大会诸将，准备对起义军实行大规模的军事围剿。曹文诏为了截住农民军，从阌乡取山路到商州和雒南，直捣农民军老巢，然后再从山阳、镇安、洵阳等地赶到汉中来，阻止他们逃跑。五月五日追上农民军，曹文诏率领侄子曹变蛟夜袭农民军，农民军大败又再次逃亡。曹变蛟勇冠三军，大、小曹将军的名声远扩。没过多久，高迎祥、张献忠集中各路农民军近二十余万人马奔赴静宁、泰安、清水、秦州一带，曹文诏也迎来其人生中最后的辉煌时刻。

　　六月，明军在乱马川同农民军相遇。前锋中军刘弘烈被抓获，不久副将艾万年、柳国镇又战死。曹文诏听说后，瞠目大骂，立即赶到承畴那里请求进军作战。此前洪承畴为堵住农民军退路，分兵驻扎各地，而当面之敌人多势众，悬殊较大，无力授予他更多的兵力，但是洪承畴仍然非常高兴的应战并许诺将为其后援。曹文诏于是率领本部三千人从宁州进军，在镇宁的湫头镇同农民军相遇。变蛟率先登上城墙，斩首五百人，高迎祥诈败，变蛟紧咬不放追敌三十余里，曹文诏率领步兵紧跟在后面。

　　然而形势突变，农民军埋伏下的数万骑兵突然出来紧紧包围住他们，官军人少且轻敌冒进，后援又来不及跟上，只能拼死一战。战况进行着十分胶着而又激烈，此时敌军中有官军叛兵认出曹文诏，农民军顿时高兴起来，就更加紧了包围圈。然而苦于敌军势众，后援不继，亲兵全部战死。

　　曹文诏左右冲突，亲手杀死数十人，辗转拼战了几里路也未能突出包围圈。最后体力不支，拔刀自杀悲壮赴国而死，一同战死的部将有二十多人。曹文诏死后，洪承畴捶胸痛哭，也许这份痛苦夹杂后悔，皇上也深感悲痛，下令给予极大的安抚，而农民军这边却是异常欢喜。