十月下旬，朱亨嘉被押解到广东肇庆。隆武二年(1646年)二月，丁魁楚派人将朱亨嘉押抵福建福州。隆武帝朱聿键想杀朱亨嘉，却担心落得屠杀宗室的骂名，于是下诏废朱亨嘉为庶人，并“命锦衣卫王之臣用心防护，无得疏虞”。同年四月，朱聿键“安置靖庶人于连江(今福州市连江县)，敕奉新王严加钤束，不许令见一人，透出一字”。为了灭绝后患，不久，朱聿键派锦衣卫将朱亨嘉勒死，“托言暴疾死”。另外说明一点，朱亨嘉被俘时，其年仅四岁的长子朱若极逃出，后出家为僧，自称苦瓜和尚，后化名石涛，成为清初著名画家。

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