从政治方面来看红巾军起义的历史意义是打击了内蒙古贵族，促进新势力新王朝的产生。总的来说红巾军起义的历史意义在于打击了地主豪强，也改变了内蒙古贵族的势力。朱元璋最后登基为帝，据史料准确记载他也曾参加过红巾军起义，最后还确确实实当了皇帝，红巾军起义之所以失败，是因为朱元璋背叛了农民阶级加入了地主阶级。

红巾军起义并没有成功，但是坚持了十二年，这段时间蚕食了内蒙古贵族的基础，促进了新王朝的产生，这就是红巾军起义的历史意义。