7月10日，马塞纳追上奥军后卫，两军交手，奥军落败。此后，奥皇于11日委派列支敦士登亲王前往向拿破仑请求休战，拿破仑欣然同意。三个月的艰苦谈判之后，双方在10月14日于肖恩布鲁恩宫签订和平条约。

最后，拿破仑对麦克唐纳、马尔蒙与乌迪诺分别授予元帅衔。他晋封达武为埃克缪尔亲王，并晋封马塞纳为艾斯林亲王。

通过第二次多瑙河谷战役的结果，可以了解到，虽然这次战役法军胜利了，但是也付出了惨痛的代价。