后来，孔融因看不惯曹操的做法，屡次进行嘲讽和劝说，曹操最后杀死了孔融。

一次，曹操的儿子曹丕看上了袁绍的儿媳妇甄宓，并且强行闯进袁府对甄宓动手动脚，曹操知道儿子曹丕的行为，但是没有给予阻止。这件事情被孔融知道了，孔融给曹操写了一封信，信上说：武王伐纣，以妲己赐周公。曹操看了半天，也不知道孔融所指何意。过了几天，曹操和孔融在路上碰见了，曹操便问孔融书信中用纣王和妲己的故事出自何典故。孔融听后，嘲笑的反问了一句，曹操这时才明白，空冗政这是在讽刺自己。

后来，因为粮食短缺等问题，曹操发布了表制酒禁，孔融听闻此事后，屡次给曹操写信，争辩禁酒的不好之处。孔融列举了很多历史人物来说明，喝过酒之后，才更加有利于创作的灵感。孔融接着又写了几篇论稿给曹操，曹操看后很生气。

曹操对孔融积怨越来越深，加上他人陷害孔融，曹操以“招合徒众”，“欲图不轨”等罪名将孔融处死，并且还诛杀了孔融全家。