后来努尔哈赤来到抚顺，由李永芳出迎，并将努尔哈赤带入了教场中。努尔哈赤将书信交给了他后，便带领军队返回了自己的领土。

后来在1681年的时候，努尔哈赤入侵明朝，并将抚顺包围。在此期间，他还努力劝说李永芳投降自己，说李永芳很有才华，有懂的时局变化，我国正好需要他这样的人才，李永芳如果投降了，他可以保证城中的百姓不受到伤害。看完书信的李永芳，就来到南门向他投降。在此之后，努尔哈赤也实现了他的诺言，没有伤害城中的百姓。

在第二天的时候，努尔哈赤就将抚顺拿下，成为了第一个打下明朝城池的人，而李永芳则成为了第一个向努尔哈赤投降的人。从这以后，李永芳就多次随努尔哈赤征战四方，还被升了官职。同时，李永芳拒绝了向明朝的投降。为此努尔哈赤便赐了李永芳“免死三次”的特权。