以上两件事，实则对孙中山的打击很大。在5月4日当天，孙中山就向军政府提交了辞职声明，宣布辞去军政府大元帅的职位。此时他对各省军阀的真实面目，护法只是他们借以巩固实力的借口。所以他指出，各省军阀虽以护法为名，但却都不肯服从在法律和民意之下。孙中山在心灰意冷之下认识到，依靠军阀达到护法的目的，是不切实际的。所以他动身前往上海，第一次护法运动失败。

至于第二次护法运动失败原因，同样也和军阀势力有着莫大的关系。当时拥护孙中山的粤系军阀首领陈炯明，在击败桂系后势力坐大，和孙中山的政治意见发生冲突，且陈炯明对护法运动的北伐有着和孙中山不一样的看法。最终两人闹翻，发生了“六一六”事件，陈炯明炮击总统府，孙中山被迫逃亡永丰舰上避难，第二次护法运动也告失败。