战斗从下午五点一直持续到了次日清晨，战斗十分惨烈。所有参战的英军舰队都没有被击沉，只受到轻微的损伤，反观法国参战的十三搜战列舰一艘被击沉，十艘遭受重创投降。两艘败逃。人员损伤总数法军是英军的六倍，英军死亡两百一十八人，而法军阵亡约一千五百人，受伤一千五百人，三千人被俘。纳尔逊司令所率领的舰队在阿布基尔海湾的战斗所取得的巨大胜利的消息在两个月后传到了英国本土。总管海军的大臣斯潘塞伯爵得到战报后十分高兴。阿布基尔海战是纳尔逊第一次独自指挥的战斗，这次战斗是一次完美的胜利，刷新了英国海军的战斗记录，纳尔逊也被英国国王册封男爵。

阿布基尔海战是拿破仑所遭受的所有重大挫折之一，拿破仑攻伐埃及的军队不得不被滞留在的埃及，而拿破仑本人也因为这次海战的失利不得不偷偷乘坐商船返回法国，而被留在埃及的军队三年之后只得向英军投降。经过这次战役英国掌握了地中海的海上霸权。