在军事上的影响就是乾隆在新疆设立了多个军营用来镇守当地，防止再次发生叛乱，于是军府制就这样慢慢确立起来了。这样西部地区也有了防线，可以很好的维持新疆的各项事务。

在大小和卓叛乱被平定后，清政府做了一系列措施，对税收也实施了宽松的政策，还有其他经济上的一些束缚也都放宽了，这样便为新疆的发展带来了更多的好处，当地的农业发展也随之加快，人民开垦了许多荒地用来种植，而且通过各种办法解决了灌溉农田的问题。

大小合作叛乱的最大影响就是开通了前往西部地区以及境外地区的路线，可以将中国的各种农产品都运输到境外，经济发展有了明显的增速。其中新疆的玉石也恢复了对清朝的供应。总之大小和卓叛乱被平定后产生的积极影响占到了很大比例。