其实小和卓叛乱的想法在很早之前就有了，小和卓为了摆脱清朝的管理，便私下开始密谋着叛乱的策略，他集合了当时比较有名气的头目，准备反叛，可是大和卓因为心怀感激，不同意小和卓的这个想法，于是他们之间出现了不和。可小和卓在不久之后就占领了新疆的大片地区。

清政府官员便准备给当时的回人进行适当的补偿，当然税收也是不能少的。此时小和卓带领的部队就开始与清朝军队出现了对峙的局面。之后小和卓带着伪装的诚意还来朝见当时的清朝皇帝乾隆，因为乾隆没有意识到问题的严重性，对小和卓仍十分信任。在清军的大部队撤离的时候，叛乱便正式开始了，小和卓带领的部队把清朝将领率领的部队打败了。之后乾隆意识到了问题的严重性，便又发令派军队前去新疆，在主要头目意外去世后，乾隆皇帝便专心攻打小和卓的部队。在库车战斗中，小和卓成功逃脱了清朝军队。这中间又经过了多次的战斗，到了后期因为清朝军力的增多，大小和卓带领的军队处于弱势地位，加上长期的战斗让当地的民众十分厌倦了，便对他们失去了信心，许多人都离开了大小和卓的部队。

经过了大小和卓叛乱之后，清政府统治下的新疆在以后的几十年都没有再发生过叛乱。