梁武帝命令南梁援军乘坐战舰发动火攻。水军一直是南梁的优势，反观北魏，水兵作战能力不足。时逢淮水疯涨，梁军借此机会一举发动攻势。北魏军队溃败，被杀者达十余万，被俘虏者达五万。钟离之战结果导致南北实力发生变化，北魏开始走下坡路。尽管南梁赢得了最后的胜利，但是南梁帝始终没有放弃北伐的念头，导致国库空虚，国内最终爆发了动乱。