施琅大胜而归后，考虑到台湾水道险恶，行军困难。于是施琅决定暂缓进攻，转而采取攻心战术，让郑氏王朝从内部彻底崩溃。首先，施琅在澎湖禁止杀戮，抚慰百姓；接着，发布《安抚输诚示》，并派原刘国轩副将曾蜚赴台。不仅如此，他还派人医治受伤战俘，并分给他们衣服、粮食，再将受伤士兵送回台湾。他还拉拢郑军将领为内应，守防淡水的何佑首先投降施琅，其他将领也跟着投降了施琅。

澎湖海战结果消息传到台湾，人心开始动荡。为了保住政权，有将领提出要进攻菲律宾，得到冯锡范首肯。不久却传出远征军只想抢劫，还打算逃往海外的消息，刘国轩因此阻止此计划的实施。七月十三日，施琅率军在台湾登陆。在刘国轩大力劝说下，郑克塽于七月十五日向施琅投降，并于八月十八日剃发易服。就此，郑氏王朝正式灭亡。

郑克塽投降后，清王朝为了是否将台湾并入版图产生分歧，不少大臣认为台湾孤悬海上，治理以及防守耗时费力，主张弃守。最后施琅以台湾战略地位重要，说服清帝将台湾并入清朝版图。澎湖海战的结果就此尘埃落定。