马邑之战的影响十分深远，民众展现出极大的热情，军队展现出朝气。然而带给朝廷显贵们的却是挥之不去的阴影，此战没能剿灭匈奴主力，没能实现预期的计划，更没能活捉匈奴单于，而是在最为紧要的关头功亏一篑，功败垂成。

最为不妙的是此战使得匈奴人恼羞成怒，他们对汉人的敌视与日俱增，对汉地的侵略也是有增无减。使得一段时间内汉武帝疲于应付，顾此失彼，这是马邑之战的影响中消极的一方面。