8月13日，北洋舰队休息一天，水兵们便上岸去购物，其中有几个水兵到妓院酗酒斗殴，捅下了大篓子。日本警察前来处理事端，水兵人多势众，将前来平息事端的警察打成了重伤。在当日的事件中，一名水兵轻伤，一名日本警察重伤。事情发生后，丁汝昌下令不许再生事端，因此14号大家都平安无事，事态似乎有所平息。

15日下午，李鸿章下令可以上岸进行购物，当时上岸的有四五百人。傍晚时分，早有准备的日本警察将街道堵住，持刀追杀水兵，当地的一些居民也加入了混战。由于之前没有防备，水兵这次吃了大亏，当场死亡5名，有40多人受伤。毫无疑问，这是一场有预谋的报复行动。

长崎事件看似是清廷的水兵先动的手，其实真相却不是这样，日本看到清廷军队发展如此强大，心中充满仇恨、愤懑的心理，于是就有预谋地采取报复行为。虽然在最后的赔款上看似中国赢了这场谈判，其实对于这次重大事件，只采取赔款措施而没有惩凶，而且也没有追究背后的阴谋，显然是日本占了更多的便宜。