将军足利义教脾气暴躁，刻薄寡恩。1441年，播磨守护赤松满佑起兵杀死足利义教，史称嘉吉之乱。室町幕府派出山名持丰前去讨伐，赤松大败，切腹自杀。自此引发全国内乱。社会动荡中，一休颠沛于各小庵之间，经常借居农家，亲身体验到战乱给人民带来的苦难。嘉吉之乱翌年，他暂居丹波国让羽山尸陀寺。此寺用于弃置因战乱和疫疾而死的尸体。一休沉痛描绘这人间地狱般的凄惨景象：“吞声透过鬼门关，豺虎踪多古路间。吟杖终无风月兴，黄泉境在目前山”。而他更为不满的是，佛门弟子此时却多在为达官贵人的长寿健康祈祷。
他选择了一种另类的警醒世人的方式。京都的元旦，人人都在欢庆节日，一休却在竹竿上顶着一个骷髅头走街串巷，沿门挨户叫着：“小心!小心!”商家们觉得很不吉利，怒骂：“难得的元旦，却触了大霉头。”一休回说：“不!你看这骷髅，眼睛飞走，成了虚空。这才叫目出，才真恭贺新禧啊!”日文“目出”是恭喜之意。一休以这种方式，突显人世间死生流转无所托依的无常。据说，每逢元旦，京都商家便会关门三日的风俗，就与一休有关。
1449年，十三岁的足利义政继位为将军。他不务正业，而沉迷于酒色以及文学绘画等个人爱好。1460年，日本爆发全国性的大饥荒，疫病流行，仅京都就饿死了好几万人，附近的鸭川因死者甚众导致河流堵塞断流。但足利义政与其妻日野富子却不顾人民死活，大兴土木，宴饮达旦。六十七岁的一休目睹此情，愤然骂道：“大风洪水万民忧，歌舞管弦谁夜游。”他还写了许多诗，把义政和富子比作唐玄宗和杨贵妃。
有资料记载，某日一休受邀到将军义政的茶筵。义政一见一休，就向其夸耀，先祖义满建有金阁寺，他要效仿建一座银阁。然后又把自己收得的珍稀古董茶器拿给一休看。一休说自己也有三件宝贝：一个是天智天皇观月时用过的草席，一个是老子的拐杖，最后一件是周光坊的茶碗。义政大喜，马上出三千贯定下。一休拿了钱，路上便散给了百姓。他让弟子将前日乞食放在后院的草席、喂猫的缺口茶碗取来，再去拔一根圈篱芭的竹子，一并呈送给义政。义政当然怒不可遏，抓一休前来。一休则当面严词厉色警告义政：“今也山城一带，饿殍遍野，将反乱，你还有心热于茶道的闲事，不惜万金，投于古董，是什么事?一休何须大金，三千贯想救山城百姓，现在还你，请作救济之资!”当头棒喝，义政似有所悟，又将一休引为上座。但他终究没能接受劝告。1467年，长达十年的“应仁之乱”爆发。历经十年战火，京都化为废墟。
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七十七岁，与盲女的爱情
一休一生最富传奇色彩的事，大概要属他晚年与名叫森的盲女之间的爱情。在平日修行中，一休就不戒女色，公开声称自己“淫酒淫色亦淫诗”。他吃肉喝酒，出入风月场所，号“梦闺”便由此而来。据《年谱》中记载，一休四十三岁时，适逢开山国师百年大忌。寺僧聚在一起诵经，而一休带着一女子前往，夜宿庵房谈情调笑。在他看来，开山国师不会接受那群“邪恶败类”诵经，不如同女子谈情更合乎真性情。僧侣界一片大哗，纷纷指责他的放浪。一休反诘:“名妓谈情，高僧说禅，实有异曲同工之妙也。”
已近七十七岁，一休一次偶然听过盲女森的歌艺表演后，被其深深打动。森也早就倾慕大师的风采，两人惺惺相惜，两情相悦。一休赞美四十岁的森为一代风流美人，并热情洋溢为她写下许多情诗，诸如：“盲森夜夜伴吟身，被底鸳鸯私语新。”“美人云雨爱河深，楼子老禅楼上吟。”有的诗情色坦露，言语大胆到令人咋舌。当时的日本，禅僧和女人私通已是半公开的秘密，但他们表面上要维持道貌岸然。一休厌恶佛门腐化的虚伪丑态，宁愿纵情高歌情爱。一休晚年在酬恩庵修建墓塔，那里成为他和森的比翼冢。在生命的尽头，他许下相爱三生的心愿：“十年花下埋芳盟，一段风流无限情。惜别枕头儿女膝，夜深云雨约三生。”
1474年，八十一岁的一休突然接到后土御门天皇的诏令，让他担任大德寺第四十七代住持。大约是要借一休的名声以重建被战火烧毁的大德寺。一休虽尽心于修缮大德寺，却不安于高位，几次辞任未果，依旧住在荒僻小庵中。1481年，大德寺重建工程大体竣工，一休也因此积劳成疾。当年11月21日，一休圆寂于酬恩庵，享年八十八岁。
一休曾有一句狂言：“佛界易入，魔界难入。”日本第一位诺贝尔文学奖获得者、作家川端康成就非常喜爱这句话。他珍藏有两幅一休的亲笔手迹，其中一幅便题着此句。他自己也常常挥笔题写。在1968年诺贝尔领奖台上，川端康成发表了著名的获奖感言《我在美丽的日本》，向世界介绍日本文化之美。
在台上，他几次提及一休：“一休既吃鱼又喝酒，还接近女色，超越了禅宗的清规戒律，把自己从禁锢中解放出来，以反抗当时宗教的束缚，立志要在那因战乱而崩溃了的世道人心中，恢复和确立人的本能和生命的本性??继‘入佛界易’之后又添上一句‘进魔界难’，这位属于禅宗的一休打动了我的心。没有‘魔界’，就没有‘佛界’。然而要进入‘魔界’就更加困难。意志薄弱的人是进不去的。”这大概是五百年后，一休之精神在日本文化中不绝的回响。