俗话说，战场无常胜将军，在随后正始元年(公元504年)进行的钟离(今安徽凤阳县东北)之战中，元澄虽始尝胜果，俘获萧衍冠军将军张惠绍、游击将军殷暹、龙骧将军张景仁及其屯骑校尉史文渊等27名将官。然而，天不作美，随后猛降暴雨，淮水涨满，元澄无奈引归寿春，狼狈还州，兵士死伤4000余人。元澄以指挥失利而向宣武帝引咎辞职，未被答应。后朝廷有关机构以元澄兵败，剥夺其开府资格，给他降职三级的处分。这时，萧衍有信要求换回他的冠军将军张惠绍，尚书令元嘉不顾元澄的反对，答应了萧衍的要求。在此后的时间里，张惠绍果然如元澄所担心的那样又来寇掠。大家这才信服了元澄的远见卓识，但为时已晚。
　　元澄在宦海浮沉，却从未失其清官本色。他不久被转任为镇北大将军，定州刺史。在此期间，他看到当地百姓久受政府任意征调之苦，而前前后后几届长官均没有解决这个问题，于是他宽减征调，又重新制定黜陟赏罚办法，表减公园占地给没有产业的贫民。在他当刺史这段时间，定州百姓的生活水平有了极大的提高，百姓都十分爱戴和感激这位“父母官”。当时正值元澄的母亲孟太妃去世，大家看到元澄悲痛欲绝，形销瘠毁，都称赞他的孝心。
　　当时，朝廷中宣武帝的舅舅高肇擅权，这个高丽人十分嫉恨皇族中特有声望的人，元澄首当其冲。为了避祸，被提拔为太子太保的他不得不终日酣饮，佯狂以示荒败。
　　延昌四年(公元515年)正月的一天夜里，宣武帝病卒。继位的孝明帝年岁尚幼，而高肇却在外拥兵自重，政局极不稳定。领军于忠、侍中崔光等建议让素有声望的元澄担任尚书令，于是，元澄在国家危难之秋，再度出山，担任宰辅要职，总摄百揆。
尽心匡辅 殷勤谏诤
　　孝明帝元诩即位时只有5岁，他的母亲胡氏在宗室诸王拥戴下临朝听政，这就是北魏历史上的“灵太后”。灵太后不久便专权独断，完全以皇帝的身份处理朝政，而这时的北魏已经开始走下坡路了。作为一朝宰相的元澄此时虽无力回天，却仍旧殚精竭虑，在各个方面进行了改革。
　　首先他针对宣武帝正始末年百官普升一级但刺史、郡守、县令却不能享受此待遇一事向灵太后提出异议，谁料太后极不耐烦，下诏说，凡事经前朝，一律不准重提。元澄并不善罢甘休，再次奏明太后，作为君主应善于纳谏，有不正确的要及时纠正。随后，他奏上《皇诰宗制》及《训诂》各一卷，想让灵太后充分认识劝戒的裨益。又奏利国济民十条纲领：一是统一公私度量衡；二是兴办学校，以明扬选拔罢免官吏之法；三是应不计私怨，各举自己所知人才；四是在国家规定的五调之外，不得再向百姓征收其他租税；五是地方官要有升有免，以示赏罚；六是逃亡他乡的人，其赋税应由他人代交；七是边防兵士有开小差或阵亡的，都要调查清楚。如果三长及近亲确实隐蔽逃户不服兵役，可征他们代服；八是世代为工商户的负担太重，可免除其租调，使其能专攻其业；九是禁止三长勾结为奸，不得瞒上私自世袭其职，户数不满标准的地区，应随近合并；十是羽林虎贲军，一旦边防有事，可暂时前赴作战，常戍兵应当派蕃兵去替代。灵太后接到这奏章让百官讨论，有肯定的也有否定的，莫衷一是，最后这利国利民的十大纲领终究没有得到实施。

当时四中郎将兵少力寡，没有能力捍卫京师，于是元澄建议以东中郎将带管荥阳郡(今属河南)，南中郎将带管鲁阳郡(今河南鲁山)，西中郎将带管恒农郡(今河南灵宝北)，北中郎将带管河内郡(今河南沁阳)，并选二品或三品称得上亲贤的官员担任负责人，不是危急不轻易出动，配以强兵，这样才可以做到深根固本，强干弱枝。灵太后开始想听从这个建议，后因反对者的阻挠又搁了下来，虽然元澄后来又再三请求，但最终未被接纳。
　　这时流亡到边镇的百姓越来越多，衣食都没有保障，很多人都死于饥寒交迫，元澄爱民如子，立即报告朝适拨给他们一年的粮食。
　　自从孝文帝迁都洛阳并深入推行汉化后，鲜卑族原来的北方重镇的地位逐渐发生了变化，镇守兵将的身份也日趋卑微，镇将的选拔更是不受朝廷重视。元澄看到这种情况，内心十分不安。他担心一旦边贼乘虚而入，后果将十分严重。于是他建议太后认真选拔重镇将帅，让他们大修城防，积极做好战备工作。不幸的是，灵太后又一次忽视了他的意见。后来，边境少数民族入侵，一直打到平城，那些无能懦弱的镇将大多叛逃，入侵的敌兵甚至践踏了魏室山陵，这时大家才想起元澄的忠告，可惜后悔晚矣。
　　在灵太后掌权的北魏末年，政局混乱，官僚腐败，贵族们竞相奢侈，太后自己也热衷于佛事，经常大动土木，修建无数的寺庙，除了京师中的永宁寺，太上公寺之外，还在外州各造五级佛塔；又频繁举办各种斋会，赏钱动辄数万。元澄看到百姓劳役沉重，国家财政吃紧，府库告磬，不禁忧心忡忡。于是又上奏太后，先是讲明与南朝关系，说明取外先要内强，图人先要自备的道理，强调要澄清吏治，促进经济，搞好防务，集中一切财力物力建设好国家，然后他又笔锋一转，话题落到大兴土木之害上来，劝戒太后要“畜力聚财，以待时会。”
　　应该说，元澄虽是一朝宰相，也无法力挽狂澜、扶大厦于将倾，但是他却身体力行，尽职尽责，从来不回避；他尽心匡辅，为民谏诤，虽然不被采用，也依然赤胆忠心，不屈不挠。他先后针对政治、经济、军事、文化等各个方面存在的时弊提出了深刻的见解和改进意见，有很多都对国家对人民有极大的益处。俗话说：“无私才能无畏。”元澄的无私无畏在当时虽然不能感动群臣去做什么，但他们从心底里敬畏他，佩服他，灵太后也对他很信赖。
　　神龟二年(公元519年)，有一天，朝廷的太常卿占了一卦，卦文说“有相死”，还有人梦到任城王元澄家墙毁垣断。不久，53岁的元澄逝世。灵太后除了大量赐丧物之外，还特加殊礼，并亲自送元澄的灵柩到郊外，扶棺悲哭，哀恸左右，前来会丧的百官群僚也都忍不住泪水涟涟，感叹不已。当时真可谓是哀荣之至。元澄历奉三朝，为朝廷操劳半生，总算没有“寂寞身后事”，但他却是带着一腔忧患走的，他无法再看到国家的兴盛，也不会再目送它灭亡了。?
　　元澄是一位具汉化思想的少数民族政权宰相。他重礼法，尚儒术，虽以文才见美，却又不失将帅风度。他是宗室王爷，皇族成员，却不因循守旧，首先拥护孝文帝迁都及改革，不愧是宗室领袖；他是三朝元老，两度任相，辅佐君王，殷勤劝谏，致力改革、奖善除弊，真可谓社稷良辅。难怪史称他：“贞固俊远，郁为宗杰，身因累朝，宁济夷险，既社稷是任，其栋梁之望也。”他不是一个千古美名传扬的英雄，却是一朝功勋卓著的贤相。