康熙十六年（公元1677年），侍读学土叶方蔼赋五古长诗一首，交董允瑶带给黄宗羲，诗中有“兴朝亟求贤，侧席心殷殷”，“勿著羊裘去，苍茫烟水滨”之句，意在规劝黄宗羲结束隐逸生活，出来为清廷效力。黄宗羲即次其韵答诗一首，称“斯民方憔悴，何以返夏殷”，“勿令吾乡校，窃议东海滨’，表明其不仕清廷之志。
　　次年，清廷准备修《明史》，特开“博学鸿儒科”，以延揽人才。叶方蔼向康熙帝推荐黄宗羲。黄宗羲的弟子陈锡嘏当时在北京任职，代为力辞。黄宗羲闻知后即致书陈锡嘏表示感谢，说他对叶氏举荐之事，“始闻之而骇，已喟然而叹”，而“喜兄（指锡嘏）之知我也”。又说如果让他“待诏金马”，无异于“断送老头皮也”。
　　康熙十八年，监修明史总裁徐元文、叶方蔼两位内阁学士，征聘黄宗羲的弟子万斯同、万言北上修史。黄宗羲从“国可亡，史不可亡”的观点出发，支持万斯同“以布衣参史事”，但他在赋诗送行时告诫他们“太平有策莫轻题”，表明其不与清廷合作的初衷。
　　康熙十九年，黄宗羲年已71岁，徐元文在康熙帝面前举荐黄宗羲参与修史，康熙帝下旨浙江督抚“以礼敦请”，黄宗羲仍然托病力辞。但他这时对康熙帝恐怕不太反感了，在给清朝官员的信中写道：“羲蒙圣天子特旨召入史馆……时以老病坚辞不行，圣天子怜而许之。”这较之《留书》中骂清统治者为“夷狄”、为“虏酋”，已经大不相同。所以，他自己虽不应聘，却派遣自己的儿子黄百家到徐元文主持的明史馆去修史了。
　　在保持“遗民气节”问题上，进入晚年的黄宗羲，一方面极力称赞“遗民者，天地之元气也”，表彰诸如汪沨、谢泰阶等明遗民不仕清廷的气节，另一方面又感到不能闭眼不看现实而采取与世毫无干涉的绝对隐居生活，所以，他所谓的遗民标准，是本身“止于不仕”（即不仕新朝）而又不废“当世之务”的“得中”之士，他认为那些“种瓜卖卜，呼天抢地，纵酒祈死，穴垣通饮馔者，皆过而失中者也”。他在《余若水周唯一两先生墓志铭》中，为自己的处世态度辩护说：“生此天地之间，不能不与之相干涉，有干涉则有往来。陶靖节不肯屈身异代，而江洲之酒，始安之钱，不能拒也。”
　　正是在上述思想指导下，黄宗羲不仅和许多“胜国遗民”交往密切，而且和清廷不少重要官员时相过从，或书信往来，或登门拜访。例如，他同“昆山三徐”（内阁学士、刑部尚书徐乾学；文华殿大学士，明史总裁徐元文；吏部侍郎徐秉义）关系十分密切，徐乾学、徐元文一再向康熙帝推荐黄宗羲，与黄宗羲互致书信，诗歌唱和，徐秉义曾至余姚拜访黄宗羲。黄宗羲也曾几次至昆山拜访徐氏兄弟，还请徐乾学为其父黄尊素祠撰写碑铭。徐元文病逝，黄宗羲写下了《哭相国徐立斋先生》的五古长诗，表示痛悼之意。康熙二十六年，黄宗羲在写给徐乾学的一封信中，突出地反映了他晚年对清朝统治者态度的变化。他写道：
　　去岁得侍函文，不异布衣胥肉之欢。公卿不下士久矣，何幸身当其盛也。今圣主特召，入参密勿，古今儒者遭遇之隆，盖未有两。五百年名世，于今见之。朝野相贺，拭目以观太平，非寻常之宣麻不关世运也。
　　又说：方今杀运既退，薄海内怀音草状；皇人仁风笃烈，救现在之兵灾，除当来之苦集，学士大夫皆以琴瑟起讲堂之上，此时之最难得者也。
　　在此信中，黄宗羲改变了他曾告诫万斯同“太平有策莫轻题”的态度，而提出了“其要以收拾人才为主”的治安策，并寄希望于徐乾学式的“真儒实学，居上而激扬之”。
　　除与徐氏兄弟交往频繁之外，黄宗羲与朝中和地方一些有影响的官员如张玉书、汤斌、叶方蔼、许三礼、朱彝尊等都有交往，与先仕明、后仕清的钱谦益关系也很密切。他在晚年为人撰写的碑铭传状和致友人书中赞誉康熙皇帝为“圣天子”，称清朝为“国朝”、清军为“王师”，并从使用干支纪年到采用顺治、康熙等年号，甚至希望“同学之士，共起讲堂，以赞右文之治”。这些事实，如完全站在明遗民的立场上看，确可谓梨洲“晚节有亏”。但从中国历史的发展来看，何尝不可以称道梨洲的现实主义态度呢！因为在黄宗羲晚年，复明已经绝对无望，康熙皇帝的文治武功又确实值得称道。
　　康熙二十五年，王掞视学浙江，倡议在黄宗羲故居黄竹浦重建忠端公（黄尊素）祠，宗羲写了《重建先忠端公祠堂记》。次年，王掞又捐俸汇刻刘宗周文集，宗羲与同门友董玚、姜希辙一起编辑了《刘子全书》，并为之作序。
　　康熙二十七年，黄宗羲将旧刻《南雷文案》等文集删削修改，定名《南雷文定》重行刊刻。这年，他自筑生圹于龙虎山黄尊素墓侧，并有《筑墓杂言》诗。
　　康熙二十九年，黄宗羲年已80，曾至杭州、苏州等地寻访旧迹，拜访朋友。次年，应新安县令靳治荆之邀游览黄山，为汪栗亭《黄山续志》作序。
　　康熙三十一年，黄宗羲病势沉重，闻知贾润刊刻其《明儒学案》将成，遂抱病作序，由黄百家手录。次年，《明文海》编成，宗羲又选其精萃编为《明文授读》。
　　康熙三十四年七月三日（公元1695年8月12日），黄宗羲久病不起、与世长辞。他在病中曾作《梨洲末命》和《葬制或问》，嘱家人丧事从简：死后次日，“用棕棚抬至圹中，一被一褥不得增益”，遗体“安放石床，不用棺椁，不作佛事，不做七七，凡鼓吹、巫觋、铭旌、纸幡、纸钱一概不用”。这表现了一个无神论者移风易俗的勇气。
　　黄宗羲在临终前四天给孙女婿万承勋的信中写道：总之，年纪到此可死；自反平生虽无善状，亦无恶状，可死；于先人未了，亦稍稍无歉，可死；一生著述未必尽传，自料亦不下古之名家，可死。如此四可死，死真无苦矣！ 这也可说是他自己的盖棺定论了。从黄宗羲一生业绩看，他作为一个思想家、著作家的历史地位，确实是“不下古之名家”的！