和武艺不同，后人对石田三成的内政才能是绝对认同的，而他在内政方面的能力也绝对是令人敬服的。丰臣秀吉当政时期执行的“太阁检地”他是真正的推进者，而且他还是大阪城的修筑者，年纪轻轻竟成为“五奉行”之首，不仅如此，他在自己的领地的经营上也是成绩斐然。
“太阁检地”的真正的推进者
毫不夸张地说，三成是“太阁检地”真正的推进者与核心人物。
天正12年（1584年）25岁的三成就成为近江国蒲生郡今在家村检地奉行。天正14年（1586年）与小西隆佐一起担任堺町奉行。次年又成为博多町奉行，成功复兴了遇到战祸而一片萧条的贸易城市博多。天正17年（1589年），与浅野长政一起负责对美浓进行检地。次年，又与浅野长政一起负责对奥州进行检地。天正19年(1591年）4月，成为近江、美浓丰臣家四万五千石直辖地的代官。同年9月，在九户政实投降后到达黑石城，于正法寺发布禁令恢复秩序，修复大原城、岩手泽城交给伊达政宗。文禄2年（1593年），与增田长盛、大谷吉继等人一起接受命令，对越后进行检地并派遣代官。第二年9月，负责对岛津领地日向、大隈、萨摩进行检地（当时检地用的尺子流传下来了，上面有三成的花押。）。同年10月，对佐竹领地常陆、下野、磐城进行检地。另外也是在这一年，对近畿一带、尾张以及自己的领地（佐和山）也进行了检地。文禄4年（1595年）丰臣秀次死后，成为其在近江7万石旧领地的代官。庆长2年（1597年），制定大坂城的《十三条书》。小早川秀秋改易时，与浅野长政一起担任秀秋旧领地的代官。庆长3年（1598年）上杉家转封到会津，三成又担任越后的代官。同年兼任筑前、筑后的代官。
大阪城的修筑者
需要指出的是名闻天下的大坂城，也是由三成在旧有的石山本愿寺城基础上修筑的。在动用了数万人，历时三年后终于完工。大阪城作为秀吉统治天下的根据地，被建成地势险要的军事要塞。用巨石堆砌成的高大坚固的城墙，有的地方竟高达10米，是当时日本城墙中最高的。大坂城之战时，家康不得不用和谈为幌子，才趁机填平护城河并毁坏了城墙，所以战后德川家才会对由秀吉下令、三成负责修筑的大坂城恨之入骨，用了十年的时间将秀吉建造的城池埋没在地下，建筑了全新的大坂城。
“五奉行”之首
在历任军需奉行、界奉行后，石田三成与前田玄以、浅野长政、增田长盛、长束正家被秀吉任命为掌管天下大权的“五奉行”。事实上最初三成仅仅排在第四位，前田玄以、浅野长政与增田长盛均在他之上。但是不久之后，三成凭借其出众的实力脱颖而出，成为实质上的“五奉行”之首。增田长盛与长束正家更是对三成心服口服，甘为三成的左膀右臂。
据小濑甫庵的《太阁记》记载，三成刚刚出仕秀吉之时，秀吉的股肱之臣是浅野长政、蜂须贺正胜、杉原七郎左右卫门（家次）与富田左近将监（知信）。秀吉征伐中国时，竹中半兵卫重治与黑田官兵卫作为运筹帷幄的谋臣大出风头。但是当秀吉天正十三年（1585年）就任关白时，竹中、杉原等人已死，蜂须贺正胜年老而力不从心，富田、黑田又成了外样。旧臣中就只剩下浅野长政一人深受秀吉信赖，秀吉于是任命了“五奉行”管理天下的政务。但是1585年时三成年仅26岁，即使是在“下克上”这样讲究实力的时代，这样的年纪就进入国家政权的核心实在令人惊讶。想来五奉行制度的确定，应该还是在文禄年间、秀吉晚年之时吧？在此之前应该是各有分工，文禄年间才实行五奉行连署发布政令这一类似责任内阁的形式吧？
1598年，“五奉行”中的前田玄以60岁、浅野长政52岁、增田长盛54岁、长束正家51岁，而石田三成才39岁。作为最年青的执政者，三成应该有“是我支撑丰臣政权的”这样的念头吧？而表露出来的话，就是咄咄逼人的气势了。浅野幸长(浅野长政的嫡子）就曾说过：“三成什么事都插手，这样的人是很容易被非议的”。事实上的确如此，三成就曾在大雨倾盆的夜晚，彻夜不眠地详细查看城内外的破损情况，黎明便向刚起床的秀吉报告。这些本该是普请奉行负责的事，三成也亲自来做，而且做得比普请奉行还好。
对自己领地的治理
在自己领地的治理方面，庆长元年（1596年）3月，三成对领地内的直辖地、代官地发出掟书（规定）。（即《十三条书》与《九条书》）并发给领地内国友村的年寄·藤二郎粮饷200石，奖励其锻造铁炮。那么《十三条书》与《九条书》究竟有什么不同呢？为什么要同时下两种掟书呢？通常认为《十三条书》针对的是三成的直辖地，三成派遣代官征收年贡。而《九条书》针对的是三成的代官地，征收的年贡被分给三成的家臣了。在《十三条书》的第三条与《九条书》的第九条中都规定了有关田地的耕种权，这可是“太阁检地”最根本的东西。耕种的人都记录在检地帐上，从而取消了中间的剥削。
关于三成对领地的治理，还有一件事颇引人瞩目。三成接收佐和山城的时候，那里还十分荒凉，三成于是着手征发夫役，对伊香、浅井、坂田、犬上江北四郡进行修筑。然而坂田郡的长滨，贡米。长滨町的居民选出宿老为代表，到伏见向秀吉提出请求。结果伏见承认长滨町宿老的诉讼合理，告之三成免除长滨町的地租和年贡米。可是三成不同意，派出奉行须藤权右卫门通光说服了宿老，最终宿老还对三成道了歉。由此事可以看出三成强硬的一面，但是因为他对领地内的民众十分公正，所以虽然很严厉，却仍然受到民众的尊敬和爱戴。
当时有句民谣：“石田三成有两件宝贝——岛左近和佐和山城”。三成将根据地佐和山城修筑得雄伟坚固，城下町也十分繁荣。但关原之战取胜后趁势攻入城中的东军将士却都目瞪口呆，因为他们看到三成的宅邸出乎意料得简陋，根本不象是大名的屋敷。（事见《甲子夜话》、《庆长年中卜斋记》等）三成就是这样的一个人，长时间主导丰臣家的内政、军事后勤，以及占领区政策的规划。掌管大政却克己奉公，生活十分节俭。