明朝末年，在民间流传着这样一首民谣：
马士英，号瑶草，家藏瑶，膜藏革草贯士英皮，遂作犬羊之鞠。
这首民谣讽刺的正是明末祸国殃民的权奸马士英。
拥立福王 弄权营私
马上英，贵州贵阳人，出生于明万历十九年(公元1591年)。据说，他原本姓陈，家居广西腾县，和明末抗清名将袁崇焕是同乡。5岁那年，他被一个姓马的槟榔贩子收为养子，从此就改为马姓了。
万历四十七年(公元1619年)，28岁的马士英中进士被授南京户部主事，其后他一直官运亨通，升迂到了右佥都御史要职。马土英自幼家境贫寒，备受富家子弟歧视凌辱。因此，年轻时他发奋读书，立誓要当大官，挣大钱，改变自己的穷酸地位。现在虽然达到了目的，但马士英仍嫌官小权轻，在上任不到一个月的时间内，便多次挪用府库公款贿赂朝贵。结果被镇守太监王坤告发．马士英鸡飞蛋打，不但未见升迁，反而丢官削职，只好狼狈地逃回南京．在南京，他结识了一个人，这个人后来改变了他一生的命运。
这个人就是阮大铖。阮大铖(约公元1587－1646年)，字集之，号圆梅，又号石巢，百于山樵，明末怀宁(今属安徽)人，万历四十四年(公元1616年)中会试，天启初年(公元1621年)任给事中职。他在当时是一个颇有名气的才子。他写的剧本《燕子笺》、《春灯谜》在当时盛为流行，深受时人赏识。只可惜他心术不正，整日碌碌忙于拍马溜须、投机钻营。他先是倚重同乡、时为御史的东林党人左光斗，后来依附大宦官魏忠贤，成为阉党的一员。
提起魏忠贤及其控制的阉党，可谓无人不知，无人不晓．魏忠贤公元(1568--1627年)是河间府肃宁县人。他被选入宫当了太监后，千方百计巴结权贵和皇帝，逐步把持了内廷大权，并随着权势的扩张，形成了一个新的政治集团——阉党。以魏忠贤为首的阉党肆意构陷，屡兴冤狱，残酷打击迫害一度掌权的东林党人士，并血腥镇压其他政治反对派。其罪恶累累，罄竹难书，及至崇祯帝即位后，才被严厉镇压。《钦定逆案》一书颁布后，魏忠贤和阉党便永远地被钉在历史的耻辱柱上。
阉党当权时，阮大铖积极参与制造丁“封疆案”、“六君子案”等一系列冤案，所以在魏忠贤被诛杀后，感觉到自己有灭顶之灾，于是立即赶写了两封上疏。一封是专门弹劫崔呈秀、魏忠贤的；一封则是对天启皇帝执政的七年政事进行“合算”：天启四年(公元1624年)以后乱政者是魏忠贤，同党崔呈秀，天启四年以前乱政者是王安，以东林党为羽翼。他把两封上疏同时火速寄给杨淮垣，指示他说，如果时局发生重大变化，则呈递弹劫崔、魏的上疏；如果情况未定，则上“合算疏”。可见阮大铖是一个极善见风使舵、左右逢源的奸滑政客。
但阮大铖名挂逆案，难脱干系，终被削去了官职，诏令“终身不得录用”。他流寓到南京后，恰遇官场失意的马士英。两人臭味相投，一拍即合。于是整日推杯把盏，互诉苦衷，大有相见恨晚之感。
阮大铖依附阉党，臭名昭著，在南京几乎成为人人喊打的过街老鼠。白天，南京街头巷尾到处张贴着声讨阮大铖的布告；晚上，则时不时有恐吓他的纸团飞进屋子，吓得阮大铖闭门谢客，不敢轻易抛头露面。只有马士英整日陪伴他打发寂寞无聊的时光。随着时间的流逝，马士英的命运却很快发生了转机。崇祯十四年(公元1641年)，因逆案被削职的权奸周延儒突然莫名其妙地被内召为内阁首辅。这在朝廷内外引起很大震动。阮大铖闻讯后欣喜若狂，赶忙携带巨款，前往拜访，满心希望捞得一官半职。他在周延儒面前大骂东林党如何卑劣，诉说钦定逆案不公平。可是阮大铖拍马屁偏偏拍到了马腿上。周延儒只好以实情相告：“我这次升迁，全仗着东林党人出力，可是你的名字还挂在皇帝定下的逆案里，不好办哪!”阮大铖一听，心里凉了半截。亏得他在官场里混了多年，马上将话锋一转：“其实我个人得失进退是次要的，但有一个人却不可埋没，”阮大铖顿了顿，一字一句地说：“瑶草(马士英的字)怎么样？”周延儒贪图阮大铖那一大堆白花花的银两，不好推辞，便答应有机会就给马士英封官。说来也凑巧，第二年凤阳总督高斗光在与张献忠农民军决战过程中，连失五城，被逮捕治罪。周延儒乘机替马士英说情，让他当上了兵部左侍郎兼右佥都御史，总督庐州、风阳等处军务。马士英对阮大铖可谓感激涕零，发誓日后握有大权时一定要提拔他。
马土英官场上再度得势，而明朝的统治却无可挽救地在迅速崩溃。崇祯十七年四月，李自成率农民军攻克北京，明思宗朱由检在媒山上吊身亡，长达270多年的明朝统治覆亡了。马士英感觉到自己刚剐拥有的一切很快又要离他而去了，终日恐慌不安，如坐针毡。他天天派人四出打探消息，揣度着时局的走向。
明朝覆亡消息传到南京，居守陪都的六部官员一片恐慌。为继承明统，他们决定拥立新君，重建中央政权。但在君王择立问题上，南京各派官员却展开了激烈的争斗。有人主张拥立福王朱由崧，有入主张拥立潞王朱常芳，吵得不可开交。这种混乱局面对于马士英来说犹如一针强心剂，他预感到自己捞到了一根救命稻草。马士英毫不犹豫地卷入这场政治争斗。
这场争斗基本分成两派。一派以东林党人为主导，一派以马士英为核心。东林党人翰林院詹事姜日广、兵部尚书史可法、兵部侍郎吕大器、右都御史张慎言、前礼部侍郎钱谦益等主张拥立“昭穆不远、贤明可立”的潞王朱常芳。他们认为福王虽系神宗亲孙，“伦序当立，而有七不可：贪、淫、酗酒、不孝、虐下、不读书、干预有司也”。其实更重要的是，他们担心福王上台后，会重提“国本”、“梃击”、“移宫”等旧案，引用奸邪，与己不利。因为东林党曾经逼迫福王父亲朱常洛到洛阳就封，福王与东林党结下了世仇。而且，东林党参与三案争斗，久为政敌所忌恨。假如皇帝重翻老帐，再如上一些人别有用心地进行攻击，东林党的日子就难过了。
但是风阳总督马士英偏是哪壶不开提哪壶，力主按伦序继统，拥立福王朱由崧。马士英如此卖力地维护所谓“有嫡立嫡，无嫡立长”的封建继承制度，当然有他自己的小算盘。福王是一个昏庸无能、只知玩乐享受的宗王。马士英正是看准了这一点，可以为己所用。
狡猾的马士英表面上虚张声势，继续与东林党人争执辩论，暗中已在采取行动。他联络总兵高杰、刘泽清、黄得功、刘良佐等实力派，派兵把朱由崧接到了南京，声称“以序以贤，无如福王，已传谕将士为三军主，请奉为帝”。事已至此，史可法等人也无可奈何，只好被迫放弃原议。五月十五日，福王正式即位称帝，以明年为弘光元年，此即第一个南明政权——弘光政权。
马士英在与东林党人争斗的第一个回合中取得了胜利，不觉颇为得意，福王只是我扶上皇位的一个傀儡，一切大事还不是我说了算。然而事情并不以马士英的意志为转移。东林党虽然在君王择立问题上受挫，但却成功地掌握了内阁权力。其中史可法为内阁首辅，掌握了朝中大权。马士英则屈居史可法之下。
史可法，字宪之，号道邻，是当时的东林党领袖，非常有才华。他青年时代就深受东林党影响，立志以国事为重。明末农民起义风起云涌，史可法受命四处征剿，屡有战功。而且，他治军廉明有信，深得士兵爱戴。因此，他在朝廷内外享有很高威望。
史可法掌权引起马士英极度不满和恐慌。他连续召集心腹死党在家中进行密谋，商讨如何排挤史可法。有人提出应从东林党与福王关系上寻找突破口。这一下可提醒了马士英。他立即翻出一封史可法写给马士英的关于拥立福王“七不可”的亲笔信，连夜秘密地交给了福王。福王看了信后，当然很是不满，遂有意要调离史可法。马士英则趁机指使高杰、刘泽清等连连上疏，催逼史可法离开南京，督师淮、扬。掌握着内阁大权的东林党则一致加以抵制。弘光帝这下可为难了，既不想委屈马士英，又不敢得罪东林党，最后决定召开一次御前会议，由大臣们商量谁留在京师辅政，谁领命督师淮扬。会议一开始，马士英就不怀好意地说：“我现在年事已高，对于征战之事恐怕是难以胜任了。不过，宪之(史可法的字)向来治军有方，面且深得士兵和百姓爱戴。我看，这带兵防守之事，还是由宪之承担最为合适”。高杰、刘泽清等人立即随声附和。史可法心里十分清楚马士英的阴谋，但为了顾全大局，还是同意出镇淮扬。这样马士英遂得以留朝辅政，独揽了大权。在以后很短的时间内，朝廷又连续追加马士英锦衣卫指挥佥事、建极殿大学士等一连串要职。一时伺，马士英可谓如日中天，炙手可热。
引举阉逆 排挤东林
马士英独掌大权以后，第一件事就是极力举荐其死党阮大铖。
弘光政权建立伊始，史可法、高弘图、姜日广、张慎言等一批名臣，四处招纳贤士，“引海内人望”，以图重振国威，东山再起。马士英也在四处为自己网罗“人才”，其中最重要的就是要把阮大铖网罗在自己名下。
马士英心里十分明白，阮大铖作为阉党成员，名声很臭，要想保举他，就得师出有名。幸好阮大铖肚里还有点货色。他自幼读过一些兵书，对兵法略知一二。马士英便抓住这一点大肆吹捧阮大铖知兵善战，提出要让他出任兵部侍郎。
马士英心里也十分清楚，举荐阮大铖最大的障碍是东林党官员。果然，马士英刚把问题提出来，便立即遭到许多大臣的强烈反对。
首先站出来反对的是右都御史张慎言。他说，阮大铖虽然熟读兵书，但从未有过实际作战经验，让他出任兵部要职，恐会导致像纸上谈兵的赵括那样的后果。马士英听后，恨得咬牙切齿。由于张慎言名望不及史可法、高弘图、姜日广等人，马士英正好揪住了东林党联盟的薄弱环节。他纠合刘孔昭、汤国祚、赵之龙等人围攻张慎言。他们重翻以前的党争老案，并与所谓的“顺案”(顺是李白成农民军政权的国号)强行联系起来，歪曲事实，罗织了种种罪名，使得张慎言百口莫辩，难以招架，只好被迫离职。
同时，马士英指使阮大铖四出游说，大造舆论，积极地进行配合。阮大铖在当年结识的达官贵人中大放厥词，极力渲染当年东林党官员危害郑贵妃、祸及福王的所谓种种“劣迹”，并为逆案中的太监翻案。那些一直处于舆论谴责压力下而难以出人头地的宫廷太监，见有人为自己说话，一下子把阮大铖奉若神明，交口称赞他才德兼备，当委以重任。这帮人成天萦绕皇帝左右，对皇帝的影响就可想而知了。
对于马、阮的猖狂进攻，姜日广、吕大器及刘宗周等东林党官员给予了坚决的反击，一致认定阮大铖是“逆案巨魁”，不可加以任用。左都御史反对尤为激烈。他说：“阮大铖是谋杀魏大中的主使者。其才能即使可用，但心术不正，恐怕会祸及朝政。阮大铖的进退，确实关系到江左兴亡，乞望勿用阮大铖。”并摘下朝冠托于手中，表示如用大铖，则辞官罢归。
马士英没想到东林党官员反对态度如此强硬和坚决，一时不知如何是好。双方遂出现僵持局面。事情久拖不决，对马士英是很不利的。他一下子又想起了高弘图。高弘图曾经因与东林党政见不一，诋毁过东林党。马士英于是携带大量钱银财物，前往拜访，企图拉拢他。马士英假惺惺地说：“现在国难方殷，正是用人际，不能因小节问题埋没了人才……”马士英话未说完，高弘图就迎头给浇了一瓢冷水：“逆案是先帝钦定的，任何人都不能擅自改变。”
马士英黔驴技穷，遂铤而走险。他背着皇帝，私自撰拟圣旨，矫招赐阮大铖“冠带陛见”。阮大铖于是得以亲自面见皇帝。他抛出一套早已炮制好的所谓“守江策”，提出联络、控扼、进攻、接应等一整套攻防策略，这对于岌岌可危的弘光政权来说无疑具有很大吸引力。因此一开始，便引起了弘光帝的浓厚兴趣。接着阮大铖鼓动他那三寸不烂之舌，“陈三要、两合、十四隙，虽为书生之见，但其口若悬河，宏论滔滔，颇合皇帝胃口。弘光帝高兴得连连击掌叫好，于是当即命人起草诏书，授阮大铖江防兵部尚书，后又很快擢升其为兵部侍郎。
阮大铖出任兵部侍郎，犹如一石击起千重浪，举朝为之哗然。许多官员纷纷告退。吕大器、姜日广先后辞官罢归。马士英则乘机安插心腹，填补空缺。他听从阮大铖计谋，全部起用了逆案官员，甚至对死者也给予赠恤。这样阉党势力再度得势，使得朝政更为腐败黑暗。
经过阮大铖事件的折腾，东林党元气大损，其活动渐趋沉寂。而马士英、阮大铖已紧密地勾结在一起，正策划着一场更大的阴谋。
弘光元年(公元1645年)冬，南京发生了一桩离奇的案件，即大悲案。大悲姓朱，安徽怀宁人，出家为僧。他来到南京，到处散布耸人听闻的淫言，一会儿自称是亲王，一会儿又说潞王贤明，弘光帝应当让位，弄得满城风雨，议论纷然。大悲案牵扯到弘光帝朱由崧，显然是一个很敏感的政治案件。马、阮便借此案大作文章，“欲假以诛东林及素所不合者”，妄图把东林党和其他清流人士一网打尽。他们捏造了所谓十八个罗汉，五十三个参目，对照早已编制好的所谓“蝗蝻录”(即指东林党为“蝗”，复社为“蝻”)黑名单，写上史可法、高弘图、姜日广等人姓名，一起藏在大悲衣袖中，诬陷此案系东林党人指使。由于构陷过于露骨，未能得逞。但其狼子之心，已昭然若揭。
扫尽南钱 填塞马口
马士英像历史上所有的奸佞一样，不但有强烈的权力欲，而且还有强烈的金钱欲。他通过种种卑劣手段聚敛钱财，中饱私囊。
江南地区自三国以来，经过历代劳动人民的开发，到了明代已发展成为土地肥沃、物产富庶的经济中心，成为明朝的主要赋税供给区。早在宋代，大词家柳永就极口称赞江南的繁华和富庶。他描绘道：“烟柳亘桥，风帘翠幕，参差十万人家”、“市列珠玑，户盈罗绮，竞豪奢”。他还写到了江南如画的风景，升平的生活：“有三秋桂子，十里荷花，羌管弄晴，菱歌泛夜，嬉嬉钓叟莲娃……千骑拥高牙，乘醉听箫鼓。”升平安乐、美丽如画的江南到了晚明则被马士英一伙的搜刮聚敛弄成了一座萧条凄凉的人间地狱。
江南的水陆交通很发达。马士英就把贪婪的目光投向了江南的水上航运业。他在长江各处遍设关卡，并由太监亲自坐镇，对过往船只课以重税，每只船所征税额高达200至300两银子。
当时，江南人民盼望朝廷能够厉兵秣马，重振旗鼓，收复京师。马士英便利用人们的这种普遍心情，打着“兴复”、“助饷”旗号，到各地去搜括钱财。他不但巧立名目进行搜括，还大幅度提高盐、酒等日常生活必需品的税额，以致卖一斤老酒就得征一文钱。这些钱财丝毫未用作军饷，反而源源不断流人马士英私囊。上梁不正下梁歪，其部属搜括之能与马士英比亦有过之而无不及。就拿御史彭遇飕来说吧，他在李白成攻陷北京后避乱南渡，阿附于马士英。他受马士英委派，刚到杭州上任，便带着打手光天化日之下公开抢夺市民钱财。“上有天堂，下有苏杭”。杭州在当时是枉南最富庶、最繁华的地方。彭遇飕的强盗行为使得杭州市民关门闭户，不敢轻易进行贸易，市场呈现萧条景象。
彭遇飕自己招募了一支10万人的军队。这么庞大的队伍却从来没有从朝廷那儿领受过任何军需粮饷。有位巡抚感到很奇怪，于是问他军饷从哪儿来。彭遇飕大言不惭地说：“靠搜括民财就可以筹办。”这位巡抚大人惊愕不已，半天才回过神来，遂将此事报告给马士英。马士英听后，哈哈大笑：“看来你是多心了。现在是非常时期，必须有非常手段，可以根据情况灵活处理嘛。”不但未给予其惩罚，反而认为彭遇飕有治理边防的才能，派他到淮扬一带去做巡抚了。
饱受战乱及水旱灾害蹂躏的江南经济经过反复折腾，更加凋弊不堪。老百姓为了活命，不得不背井离乡，流落四方，出现了“万井悲风，千里赤地；蒿莱极目，鸡犬无声”的凄凉景象。但权奸马士英所想到的只是自己的私利，哪里会顾及老百姓死活？不久，马土英别出心裁地想出了一个生财绝招。他上疏给皇帝，说现在国库空虚，财源枯竭，为筹措经费计，请求免除府州县的童生应试，改为以交纳钱银多少确定童生名次。皇帝听说国库空虚，感到很紧张，因为这意味着自己玩乐享受的物质基础受到威胁。因此当即糊里糊涂地同意了马士英的主意。马士英遂作出详细规定：交纳银钱多的，可以不经过考试，便可稳稳当当地获得生员资格。并同时规定，上等户人家必须交纳六两银子，中等户四两，下等户三两，直接送到学院查收。一时间，各地一哄而起，生员人数剧增。当时溧阳知县李思谟对这种现象很是不满，下令停止溧阳童生纳钱的作法，但马上被马士英连降了五级。
这种纳钱代考的风气很快蔓延开来，使得卖官鬻爵的勾当愈演愈烈，甚至连朝官也可用钱买。马士英规定了许多官职的价格。如，武英殿中书纳银九百两，文华中书纳银1500两，内阁中书纳银2000两，待诏纳银3000两。于是，许多豪强缙绅趋之若鹜，一时间搞得乌烟瘴气，朝政极为腐败黑暗。正如一首民谣所讽刺的那样：
中书随地有，都督满街走；监纪多如羊，职方贱如狗；阴起千年尘，拔贡一呈首；扫尽江南钱，填塞马家口。
内讧亡国 众口唾弃
南明弘光政权从开始建立就面临着清军和农民军的双重军事威胁。可以说弘光政权是坐在冰块上，一旦冰块融化，随时有覆亡危险。
但马士英置若罔闻，他极力迎合弘光帝，整日派人碌碌忙于酿制醇酒，粼选淑女，以引诱皇帝沉溺于酒色之中。至于一切军国大事，一概对皇帝进行封锁。
为了粉饰太平，稳定人心，马士英常在部属面前夸口长江防线如何坚固无比，牢不可摧，让他们放心地去喝酒、赌博、逛青楼。这种自欺欺人的做法无非是为了寻求心理上的安慰。马士英当然有后顾之忧，清军在关外虎视眈眈，这是谁都能看到的事实，但马士英的解决办法就是：向清军屈膝求和。
崇祯十七年(公元1644年)六月，马士英派应天(今南京)巡抚左懋弟为正使，马绍愉、陈洪范为副使，携带他亲笔拟写的议和条文及大量的黄金白银前往北京谈判。他的议和条件是：(一)割让山梅关以外土地给清军；(二)每年向清廷纳银10万两；(三)南北互市，以求和平往来。马士英企图以割地纳贡的方式换取清朝的止戈息兵，以求苟延残喘。
清军表面上接受了和谈条件，暗中却利用这个时机加紧进行军事部署，伺机进攻。与马士英相反，史可法很清醒地识破了清军的期谋，他积极主张抗战，强调应趁清军与大顺军鏖战后哺息未定之机，主动出击，收复北方故土。马士英不但不予支持，还利用职权处处掣肘。其时驻扎在长江北岸的总兵高杰也在积极准备北伐。高杰是当时总兵实力最强、且又身经百战、刚勇无比的猛将。他计划先进取河南归德、开封，然后向西直捣洛阳和潼关。为了得到充足军需，他向朝廷递了一份奏章，请求给予粮饷援助。但马士英扣留了这份奏章，他害怕高杰和史可法合作，对他构成威胁。
南明北伐未果，清军的铁骑已开始大规模地向南踏进了。崇祯十七年(公元1644年)冬，清军冒着严寒，兵分两路向南进攻，一路指向毫州，一路指向徐州。前线各地告急奏章雪片似地飞向南京。马士英和谈美梦破产了。在这严重时刻，马士英仍然不相信清军已发动进攻。他故作镇静，振振有词地对群臣说：“清军虽然驻扎在黄河边上，但北方闯贼势力还很强大，难道他们胆敢冒着腹背受敌的危险渡河攻打我们吗？”接着他又给部属打气说：“当年，赤壁之战时，孙权、刘备只有3万军队；淝水大战，谢安、谢石军队更少，只有8千，但他们都打败了对方，一战而平定江南。”说到这里，他情绪更加高昂了：“况且，我们现在国力强盛。兵力数倍于孙刘、二谢。直抵幽燕，痛饮黄龙之时指日可待。”马士英信口雌黄，盲目自信到了可笑的程度。
清军所到之处，势如破竹，很快就打到了长江沿线，占领宿迁并包围了邳州。弘光元年(公元1645年)，清军又逼近了徐州。陈洪范急告马士英痛陈情况万分紧急，清军很快会攻人南京，请求立即调集南京卫戍部队加强前线江防力量。马士英不耐烦地打断了陈洪范：“有四镇将领在防守，有什么可担心的。”正在这时，一名探卒进来报告说：“敌军编制了木筏，正顺江而来。”马士英一下跳起来，指着探卒鼻子破口大骂：“你这个奴才，竟敢谎报军情。来人，拉下去鞭笞四十。”相反，杨文聪派人虚报战功反而受到重赏。自此再也无人敢报警了，弄得马士英两眼一抹黑，全然不知敌我情况。
正在这生死存亡的紧急关头，弘光朝内部却爆发了一场严重的内讧。弘光元年三月，宁南侯左良玉在武昌以“清君侧”为名，率领大军顺江而下，浩浩荡荡向南京进犯而来。
左良玉为什么不早不晚，偏偏在这个时候发动兵变呢？这还得从左良玉本人说起。他从小人伍当兵，早年受东林党人的提拔，由普通士兵晋升为将军，后因镇压农民起义有功，被封为宁国侯，镇守武昌，是一个握有重兵的实力派人物。这无疑对马士英构成威胁，为其所不容。而且，许多反对马士英的东林党人多荫庇于左良玉军中，更为马士英所忌恨。但他不敢与左良玉公开翻脸，暗里却经常克扣左军粮饷军需，并筑板矶城暗防之。左良玉对此很是不满，遂萌生反叛之心。恰在这时，朝内又发生了伪太子案。于是左良玉假为兵端，起兵发难，矛头直指马士英。
马士英这下可慌了神，紧急调遣阮大铖、黄得功等心腹率兵堵截左军，并命令刘良佐撤回江北防守部队，挥师西进。这样一来，江北防线出现缺口，清兵很可能长驱直人，情况十分紧急。次理少卿姚思孝、御史乔可骋、成友谦等人坚决请求召回江北防守部队。这时的马士英已是利令智昏，哪里顾得了那么多，他厉声叱责：“你们这帮东林小子，还在借口防内讧，是不是想纵容左良玉侵犯？清兵来了，还可以议和；左良玉叛军来了，你们这帮人就可以高官厚禄，我和皇上只有死路一条了。”马士英还不放心，又严令史可法移师西进，堵击左军。而在这时，多铎所率清军已由泗州渡过淮河，直扑扬州。面对两路交急局势，镇守淮扬的史可法主张重点对付清兵。马士英却顽固地坚持：“宁可君臣都死在清兵铁蹄之下，也不能死在左良玉手中!”这样，江北、淮扬防备更加空虚，南京完全暴露在清军面前。
事也凑巧。正当马士英忙于应付左良玉的时候，左良玉突然呕血而死。左军遂停顿不前，“清君侧”也就不了了之。史可法迅速率军赶往扬州布防，但为时已晚。清军把扬州围得水泄不通。史可法率全城军民誓死抗战。由于实力过于悬殊，不久扬州被攻陷，史可法以身殉国。
扬州一破，南京危在旦夕。五月十九日，清军攻入南京。仅存一年零四天的弘光王朝在中国历史上被永远地抹掉了。
早在南京行将陷落之前，一片混乱。豪门富室、达官贵人纷纷卷起金银细软仓皇出逃。五月十一日黎明，钱谦益乘轿来到马士英家，准备商讨守城大计。但见马家门庭纷然，一派忙碌慌乱景象。不久，马士英便从屋里出来了。只见他小帽快鞋，一身便装。“想逃跑，胆小鬼！”钱谦益在心里暗骂一声，正要搭话，只见马士英向钱谦益一拱手，说：“惭愧，惭愧。我家有老母，看来不能随你一起殉国了。”随后，他带着他的老母和十几车金银财物，在四百多名家丁亲兵的簇拥下仓皇逃走。
由于马士英平日作恶多端，因此他不论走到哪里都遭到人们的唾骂和白眼。路人见了都像躲瘟神一样纷纷回避。逃至乡下，家家户户都赶紧关上大门，闭门不出。马士英连水都难讨到一杯，更别说吃饭问题了。他逃至广德府(今属安徽)，知府赵景如坚决拒绝马士英入城。马士英苦苦哀求，但无济于事，只好指挥护卫攻破城门，才得以人城。
在处处遭受冷遇后，马士英又想投奔鲁王朱以海，遭到鲁王手下大臣的一致反对。于是他又转而投向盘踞在福建的另一个南明小朝廷隆武政权，但同样遭到拒绝。
马士英处处碰壁，在走投无路的情况下结束了罪恶的一生。关于马士英的死，史书上说法不一。一说他在方国安军队被击败后与阮大铖一起投降了清军，被斩于延平(今福建南平)城；一说他逃到台州(今浙江临海)，躲进四明山削发为僧，终为清军俘获。清军剥掉他的皮，装上草，树立在路旁，供路人谴责、唾骂。不管怎样说，有一点是可以肯定的，即马士英未得善终。
马士英的一生，正如《明史·奸臣传》所评价的那样，是“庸琐鄙夫，饕残恣恶”。他之所以能成为当时呼风唤雨的显赫人物，首先要归因于：明末朝政萎糜，纲纪崩坏的混乱政治局面给他提供了发迹的机遇。阮大铖因名挂逆案而备受朝野人士的唾骂和冷落，但他的落魄却成为马士英步入官场的跳板，使得马士英犹如插在牛粪堆上的一枝花而意外地受到青睐。然而深藏在内心的恶劣本质决定了马士英不是一个能给南明政权带来福音的救星，相反正是他加速了南明弘光政权的灭亡。马士英自从掌握了弘光朝大权后，就像一个输红了眼的赌徒一样已把自己押在了弘光政权上。他结党营私，残害忠良，搜刮民财，以满足他的权力欲和金钱欲，耗尽了弘光朝仅存的一点精气。弘光政权覆亡了，历史也宣判了他的死刑，马士英最终落得个遗臭万年的可耻下场。