书香世家 宁海韩愈
浙江东部的宁海县，是一个山水钟秀之地。它背靠天台山，面临大海。既有川溪林木之美，又有稻麦鱼盐之饶，番樯贾舶，骈集竞凑，素以经济文化发达著称。六百多年前，著名的思想家、政治家方孝孺就诞生在这里。
方孝孺，字希直，一字希古。宋初，方孝孺十五世祖从浙江桐庐迁来宁海，从此定居下来。方孝孺的曾祖父方子野、祖父方炯，在元朝先后担任鄞县县学教谕。父亲方克勤也是当地名儒。元至正十七年(1357年)，方孝孺就出生在这个世代业儒的中小地主之家。
方孝孺从小就聪敏绝伦，七岁时入学读书。父亲按传统的教育方法，使他饱读儒家经典，因而从小就在心灵上打下了儒家思想的烙印，十余岁时，他已好学成癖，足不出户。每有所得，竟忘掉了一切，连室外钟鼓之鸣、风雨之声，也充耳不闻。就这样，读书日盈寸，知识也不断增长。时人都呼他为“小韩子”，把他比作韩愈。他父亲也认为他是“奇才”，对他寄予极大的希望。
方孝孺尽管被乡邻称之为“小韩子”，可是他所崇拜的古代圣贤则是伊尹、周公。他曾说：“追惟少时狂僭，甫有知识，辄欲以伊尹、周公自望，以辅明王、树勋业自期，视管(仲)、萧(何)以下蔑如也’。可见，少年时代的方孝孺志向已不同凡响。
就在方孝孺十二岁的时候，朱元璋登上了大明王朝的宝座。洪武三年(1371年)，在家蛰伏多年的方克勤应征至京师，参加吏部考试，名列第二，被授为山东济宁知府。由于五年前方孝孺生母即已去世，所以方克勤上任之后，他便随父就养，前往济宁。
仕官济宁 祸从天降
济宁府内的曲阜县，是孔子的故乡。方孝孺初到济宁，父亲即带他瞻仰周公、孔子的庙宅，向本地父老询问当年陋巷舞雩之所在，遍寻七十贤人之遗迹。先哲的事迹给了他极大的影响，慨然有向慕之志。他曾想：孔门弟子中颜渊、闵子骞辈固然德行高尚，不可企及，但如果自己能与子游、子夏共游孔门，恐亦不会在他们之下。不过，他又想到：颜、闵、游、夏之辈毕竟能够受教圣人，如今呢，先哲早逝，耳提面命更属何人!因而油然而生“世无尼父，安所瞻依”的慨叹!
在济宁，他继续学习四书五经，同时博览群书。他自觉地按儒家思想来修身养性、磨练自己。当然，他也不是“两耳不闻窗外事，一心专读圣贤书”。而是十分留意“考征生民之利害，揣度风俗之盛衰，综合古今治乱之由”。正如他自己所说，我自从读了经书之后，不是圣人说的话，“不敢存乎心”，不是事关百姓的利害，“无所用其情”。而这一切，都是为了将来有朝一日，“辅明王、树勋业”。
在济宁的几年间，方孝孺学问大有长进，文章更是“益肆不羁”，据他自己说，伸笔濡墨，洋洋洒洒，千余言可立就。父亲常把他写的文章拿给朋友们看，无不交口称赞。通晓经义的武靖王李文忠曾屈尊召见方孝孺，期望他将来成为一名“国士”。
方孝孺在济宁一晃就将近五年了。方克勤也政声日著。方克勤在受命之初，认为这是朝廷非常之恩，必须尽力。于是到任伊始，即向百姓谕以朝廷养民之意、孝悌忠信之道，实行德政，发展生产，并惩治贪残，自奉简素。在他的治理下，短短几年，济宁府内经济得到发展。洪武四年(1371年)，济宁仅有三万户，每年税收仅万余石。到了洪武八年(1375年)，户口就增至六万余户，税粮十四万余石。民有积粟，野无饿莩，因此方克勤深得百姓爱戴。省宪考绩，济宁府是山东各府之最。洪武八年初，方克勤入朝，受到明太祖嘉奖，并勉励他说：“政成，当显用汝。”
方克勤政绩卓著，却引起了某些同僚的嫉妒。就在这一年，他竟被诬谪放广东江浦服役。年底，将要释归，谁知一波未平，一波又起，一场大祸又降临了。
洪武九年(1376年)，明太祖发现，每年地方衙门派计吏到户部核算钱粮时，都带有盖着官印的空白文册，如遇户部驳其钱粮数字不清时，便重新填写。朱元璋认为其中必然有诈，于是下令将各地方衙门主印长官一律处死，史称“空印案”。方克勤也因此而被冤杀。
循循守法的父亲反遭冤杀，使万孝孺对明太祖的严刑峻法第一次有了深刻的认识，这将反映在他后来的政治思想中。
父亲的遽弃，使方孝孺在学业上失去了一个最好的老师。今后怎么办？族中耆老皆以父死为戒，劝其辍业。方孝孺认为如果半途而废，那么自己十余年的努力就要付诸东流。再说，父亲已经离去了，即使绝食东向，死先人墓下，亦是徒然。古代的贤人哲士遭遇不幸而冤死的不知多少，但由于贤能子孙为他们昭雪，其功名终于显于书传的也不乏其人。为什么就不能凭自己的努力，将来为父亲昭雪沉冤呢？因此，方孝孺决定继续从学。他迫切希望“得名世之士而依之”，于是遵照父亲在狱中的嘱咐，去投师宋濂。
求学宋濂 博览群书
宋濂是浙东大儒，也是明朝开国文臣之一，于学无所不通，为文醇深演迤，以道义文章闻名海内，为士大夫所敬仰，因此，慕名从学者络绎不绝。
洪武九年(1376年)，二十岁的方孝孺负笈远游，来到当时的人文荟萃之地——京师(今南京)。其时，宋濂官居学士承旨知制诰。方孝孺怀着虔诚的心情以文求见，他那酣畅的文笔、超人的才华，深得宋濂的垂青。宋濂高兴地说：“是生也可教，其从吾游，吾于是幸有望焉。”宋濂与方孝孺纵论儒家经典，历三时乃去，大有志同道合、相见恨晚之感。从此，方孝孺就正式成了宋濂的及门弟子。
名师出高徒。在宋濂的指导下，方孝孺如鱼得水，学问文章，突飞猛进。有一次，宋濂侍宴，明太祖赐酒，并命其作《灵芝甘露颂》。宋濂喝得酩酊大醉，回来后，便将此事告诉方孝孺，就呼呼大睡了。方孝孺等到半夜，宋濂沉睡方酣。他料想老师此刻只字未就，明早一定误事，于是代写了一篇。翌日天明，宋濂起来准备上朝，忽然想起昨日之事，不禁大惊失色道：“我今日要死了。”方孝孺询问何故，宋濂说：“昨日皇上命我作《灵芝甘露颂》，因回来后就睡着了，没有完成，现已来不及了。皇上一怒，必定会赐我死。”方孝孺说：“我正担心先生误事，代为起草了一篇，请您再改一改，能否以此呈上呢？”说完即把文稿递给他。宋濂看后喜出望外，连声说：“不用改了。”立即怀之入朝，呈给明太祖。明太祖读后说：“这不象出自学士的手笔。”宋濂叩首称谢道：“臣实以赐酒过醉，不能成章，此乃门生方某代为之。”明太祖笑着说：“此生良胜汝。”尽管明太祖的说法不一定恰当，但确实说明方孝孺这时已崭露头角了。
第二年，六十八岁的宋濂致仕还乡，回到了浙江金华。方孝孺也随之侍奉左右，继续求学问道。宋濂悉心教导，诲而不倦，方孝孺也勤学好问，废寝忘食，于是“日有所进，而月有所获”。宋濂门下的一些知名之士，皆望尘莫及，就是胡翰、苏伯衡等老一辈学者亦自谓弗如。宋濂甚至预料方孝孺“才器之奇，加以岁年，吾且畏之”。他还说：“我今天讲这样的话，人们必然要怀疑我过于任情，但如果再过二十余年，当会湘信我的话不是虚夸了。”的确，方孝孺犹如一块璞玉浑金，在宋濂精心雕琢和陶冶下，已开始闪现出熠熠光芒。
洪武十三年(1380年)秋，方孝孺因久离祖母，决定辞师归省。在金华四年，与老师结下了深厚的情谊。如今一旦离别，宋濂“深惜其去”，方孝孺亦依依不舍。临行，宋濂情不能已，以垂垂高年手书长达近千字的诗篇《送门生方孝孺还乡》，以明其志，以表其情。诗中“既扬其素有之善，而后勖以远大之业”。其中写道：“岂无赠别言，有意须当遵。真儒在用世，宁能滞弥文？文繁必丧质，适中乃彬彬。，“道贵器乃贵，何须事空言？孳孳务践行，勿负七尺身。”殷殷厚望，跃然纸上。
方孝孺告别老师，回到家乡，见到久别的祖母，自然分外高兴。不料就在这一年，朝中发生了一件大事。明太祖以谋反罪诛杀了当时的左丞相胡惟庸，并下令穷究所谓“胡党”。宋濂长孙宋慎及其叔宋缢并因牵连被杀，也祸及宋濂，幸赖马皇后、太子力救，宋濂才幸免一死，但全家谪充四川茂州。
消息传来，方孝孺痛哭流涕，立刻赶到金华，和学友商量，准备赴蜀拜望老师。后因事阻，未能成行，他遂将一腔哀痛，倾注笔端，写成《吁天文》，呼吁苍天，愿输己寿以延师龄，以期打动帝心，使老师复归故里。但这又有何用呢？
第二年，一代名儒宋濂终于在穷愁潦倒中死于谪所。方孝孺如丧考妣，他念及老师的沉冤，未能大白于天下；老师的遗体尚留在异乡；老师的子孙还未回归桑梓。…这一切应尽的责任，他叮嘱自己一定承当起来。在以后的几年中，他和同窗学友为实现自己的心愿，付出了极大的努力。
杜门著述 汉中教授
洪武十五年(1382年)，由吴沉、揭枢的推荐，方孝孺赴京师接受明太祖的召见，并试以一论五策，及卷呈，明太祖赞赏说：“异才也。”当即赐给他绯袍腰带。本来，经过这次特别“廷试”之后，可以授官，可是明太祖这一次并没有起用他，只是对皇太子说：“此庄士，当老其才。”遣还家。
他有匡世之才而不为用，所以，此后的十年，他只得隐居田园，杜门著述。而他在三十岁前后所形成的思想抱负，便反映在他这一期间所写的大量著作中。
方孝孺的思想，一本于修身齐家治国平天下的儒家学说，尤其在修身与治国这两个问题上，他论述得最多，形成了自己的思想体系。
他十分强调修身，认为圣人之道，虽博大精深，其要点不外乎修己以治人。读圣贤书就是为了修身。所以他曾说：“人孰为重？身为重。身孰为大？学为大。”他慨叹宋亡以来，风俗变坏，延至于今，日益严重。人们之间谄谀以相容，诡诈以相愚。要改变这种世风，必须通过学习以“先修其身”。而尧舜禹汤文武周公孔子这些圣人，就是修身做得最好的楷模。他们的言行都反映在五经中。所以他认为学圣人之道，就是学五经以明天理。
方孝孺认为学“道”是为了致用，他曾说过：“学古而不达当世之事，鄙木之士也。”鄙木者不足用。”圣人之道，“其事业在诗书，其功用在天下。”他曾比喻说，医生读《素问》、《难经》，为的是“将取以治病也。”如果这个目的不明确，虽然天天口诵此书，又有什么益处呢？五经，就是学者的《素问》、《难经》，是修身治人的书。现在有的人口诵五经之书，而不知道是为了修身治人，这与不诵有何区别？
儒家讲天命，方孝孺也讲天命。但他认为人不能消极地“恃天命”，而要积极地“承天命”，主张“尽人事以回天道”，反对“委天命而怠人事”。而且他认为有些时候也不完全都由天命决定，“自其未成之始而论之，成败祸福之机，待人而发，岂皆出于天命哉!”可见，在天命面前，人不是无能为力听其摆布的，而是可以也应该发挥自己主观努力。方孝孺的这种思想应该说比孔孟思想进了一步。
“修身”是为了治国。所以方孝孺在学习儒家经典时，也总结了历代王朝兴亡盛衰的经验教训，探讨了治国的方法，提出了自己的政治主张。归结起来主要是：主张行仁政，反对暴政。主张以仁义礼乐治国，反对以庆赏刑罚临民。方孝孺反对尚法，认为“政之弊也，使天下尚法。”他把仁义礼乐比做谷粟，庆赏刑罚，比做盐醢，尚法就是“充谷粟而食盐醢”，必然会造成大乱。方孝孺这种反对尚法的思想，实际是针对时弊而发的。洪武年间，随着经济的恢复和发展，阶级矛盾也开始尖锐起来，小股农民起义此伏彼起。面对这种状况，明王朝只是一味镇压，以为通过严刑峻法，就可以巩固统治地位。针对这一现实，方孝孺指出，欲禁民之无相攘夺盗窃，必先找出其攘守盗窃的根由，假如他们有土以耕，有业以为，有粟米布帛以为衣食，而后禁之，则攘夺盗贼可止也。而如果“不能使之安其生、复其性，而责其无为邪僻，禁其无为暴乱，法制愈详，而民心愈离”。“恃其法而使民畏，民其能常畏乎！”在这里，方孝孺已朦胧地认识到人民造反是被逼上梁山的，表现出他对人民的一定程度的同情。
方孝孺之所以具有这种思想，主要是因为他长期生活在底层，耳闻目睹劳动人民的悲惨状况，这不能不对他的思想产生极大的影响。他曾在一篇寓言《蚊对》中，借童子之口揭露那些剥削者对劳动人民的掠夺情况：“白昼俨然乘其同类之间而陵之，吮其膏而醢其脑，使其饿踣于草野，离流于道路，呼天之声相接，而且无恤之者”，作为地主阶级思想家，能够看到这一点是难能可贵的。
在方孝孺的政治思想中，尤其值得提出的是关于“君职”的思想。过去的地主阶级思想家往往只强调臣民之职应该“事上”，而方孝孺却尖锐地提出“君职”的问题。他说：“人君之职，为天养民者也。”天之立君，所以为民，非使其民奉乎君也。”天之立君也，非以私一人而富贵之，将使其极育斯民，俾各得其所也。”但是后世的人君并不知道自己的职责在乎养民，所以求于民者很多，而尽于己者则怠而不修。老百姓如不按时交纳赋税、提供力役，则诛责必加，以致政教不举，礼乐不惰，强弱贫富不得其所。他说：“其也不思其职甚矣!”
方孝孺进一步指出，自公卿大夫乃至百执事，都各有自己的职责，如果他们不尽职，轻则责备，重则诛杀。人君之职远远重于公卿大夫百执事之职，如果人君怠而不惰职，虽然诛责不能相加，但天将“怒而殛绝之”。这简直是对专制暴君发聩振聋的警告。
他认为，人君要更好地尽到君职，不可不学先王。学先王尤其要学一个“诚”字。他说：“圣人之治天下，岂用诈术揣量天下之人情，以为赏罚哉，亦惟用其诚而已。”但是有的人君则不然，“好为聪察”，以为群臣皆不足信，而必欲使天下事皆由己出，故往往流为苛细深刻，导致灭亡，这就是不懂得为君之道。
明太祖正是这样的人君。他对臣下猜忌怀疑，屡兴大狱。一起空印案，成千上万的地方官员被诛，方孝孺的父亲一向清廉守法，也被冤杀。胡惟庸一案，株连更多，连开国元勋宋濂亦难幸免。于是恐怖气氛笼罩全国。方孝孺的上述言论正是对洪武严猛政治的批判。
方孝孺自从父亲死后，家道开始中落。家兄方孝闻，长他八岁，数年前因居丧过哀，身体大衰，为病痛所缠，足不出户。方孝孺自己也身体多病。幸有季弟方孝友撑持家政。家有田数十亩，无人为佃，常常抛荒。因此，生活拮据。有一次家人报告绝粮，方孝孺却毫不为意，淡然说道：“古人尚有三旬吃九餐的，罐中无储粮的穷户岂止我一家？况且天下人能够如意的总是少数，不能如愿的比比皆是，有什么值得忧愁的呢？”说完相与大笑。在艰难竭蹶之中，他仍不忘与昆弟讲论圣贤之道，大有那种贫居陋巷、不改其乐的志趣。
转眼到了洪武二十五年(1392年)初，明太祖再次召见方孝孺。在治国的主张上，由于方孝孺力主教化，而明太祖则重刑罚，两人思想凿枘相违，故明太祖认为“今非(重)用孝孺时”，只任他做陕西汉中府教授。
三月中旬，方孝孺即抱病携妻子启程。浙水汉川，相去遥远。他们经三吴，涉淮北上，到长安，过宝鸡，渡渭水、历栈道，风尘仆仆，水陆几千里，凡一百二十四日始到任。沿途他们领略了虎牢、崤函、潼关之壮观，瞻仰了华岳、终南、太白诸山之秀丽，参观了周秦之故都，凭吊了贤君哲人之陵墓，循汉祖就国之故道，追忆一时之俊杰，不禁感慨系之，几乎忘却了路途所经之险。
汉中府地处山区，经济文化一向很落后，加上水土暴恶，频年灾害，物价踊贵，人民生活异常痛苦。这里，识字的人本来就少，又乏师儒。在这种困难条件下，方孝孺开始了自己的教授生涯。他从早到晚，教授生员，甚至担当了一些村学启蒙老师的任务。生活清苦，他就和诸生在舍旁隙地种上蔬菜。平时粗茶淡饭亦感自足。他认为这种生活既能改变自己的顽惰之性，又能勉励诸生。他想，如能使诸生“知操身行世之大方，孝亲忠君之大节，他日或有分寸之善及乎人，庶可少塞无能之万一”了。
汉中与蜀郡毗邻，蜀郡正是蜀王朱椿的封国所在地。朱椿乃明太祖第十一子，他“孝友慈祥，博综典籍，容止都雅”。明太祖曾呼其为“蜀秀才”。蜀王闻方孝孺之名，礼聘方孝孺为世子师傅。从此两、人时相往来，过从甚密。当时蜀王正以礼教守西陲，故与方孝孺同气相求，时常请他讲经论史。“出言有同趣，讲艺靡乖方”。共同的志趣使两人结成深厚情谊。蜀王待以殊礼，并将其读书之庐易名为“正学”。在这个“天府之国”里，民人安业，境内殷富，为其他诸王封国所莫及。这一切当与方孝孺的影响是分不开的。
君臣契合 锐意革新
洪武三十一年(1398年)闰五月，明太祖病逝，由于皇太子朱标先已去世，所以年青的皇太孙朱允文即位，年号建文，史称惠帝。惠帝天资仁厚，亲贤好学。早在即位之前，明太祖曾命其省决章奏，他就常常佐以宽大。他还遍考礼经，参考历代刑法，改定洪武朝制定的《大明律》偏重者七十三条，天下莫不颂其德。惠帝久闻方孝孺之贤，登位伊始，即派特使赴汉中将方孝孺召回朝廷，先任翰林博士，旋升侍讲学士，预经筵，备顾问，日侍左右，甚为倚重。
方孝孺早就有过“使君如唐虞，致身如伊周”的宿愿，如今侧身朝廷，便可以一展自己的宏图了。入朝后，君臣之间，情投意合。惠帝读书有疑，辄使方孝孺讲解。临朝奏事，臣僚面议可否，则命方孝孺就糜前批答。君臣契合，使方孝孺极为兴奋。他曾写诗道：
风软彤庭尚薄寒，御炉香绕玉阑干。黄门忽报文渊阁，天子看书召讲官。斧廉临轩几砚问，春风和气满龙颜。细听天语挥毫久，携得香烟两袖还。
以“明王道、致太平”为己任的方孝孺极力辅佐惠帝，推行了—系列新政。
第一，行宽政。
首先是重德省刑。明太祖即位后推行的是宽猛相济、以猛为主的政策，当时承元之弊，用重典治乱世，自然是需要的。但是，愈到后来，严刑峻法，未尝稍改。然而严法重刑，却犯者滋众。惠帝和方孝孺都认为其原因就是礼教不行。“海内虽已康，民俗犹未宁。鄙夫抱深念，思睹礼乐兴”。这是方孝孺的志向，也得到惠帝的支持。他们一反明太祖的做法，锐意文治，崇尚礼教。惠帝曾诏谕地方官，务崇礼教，赦疑狱，以致刑部都察院论囚比往年减少三分之二。同时又选派廷臣二十四人为采访使，分巡天下，观风俗，烛幽隐，兴办利民之事。
其次是均免赋役。惠帝即位后下令蠲免历年逋租和天下荒田租税。民因生活困难而鬻子者，官府代为赎回。又下诏；“兴州、营州、开平诸卫军全家在伍者，免一人。天下卫所军单丁者，放为民。”特别是均江浙赋役，这是对“祖制”的一项重大改革。朱元璋初定天下官民田赋时，因怒苏、松、嘉、湖四府地区，曾为张士诚所守，故浙西官民田税极重，亩税有高达二三石者。以后虽有裁减，但仍超过它地数倍。而且朱元璋还规定苏松人不得任户部尚书，以为定例。针对这种不合理的现象，建文二年(1400年)下诏：“江浙赋独重，…宜悉与减免，亩不得过一斗。”并准许苏松籍人任户部官，终于革掉了这一弊政。
再次，限僧道占田。佛道势力在明初曾有较大发展，到洪武末年，江南僧道，多占腴田，甚至田连阡陌。建文三年(1401年)规定，天下寺庵宫观，其有田者，每道一人各存田五亩，免其租税，以供香火之费，余田尽入官。并严禁私自剃度僧尼，从而抑制了佛道势力的发展，
第二，更定官制。
惠帝根据方孝孺的建议，更定了官制，升六部尚书为正一品，设左右侍中，位在侍郎上。升布政使为正二品。改都察院为御史府，都御史为御史大夫。罢十二道为左右两院，左曰拾遗，右曰补阙。改通政使司为寺，大理寺为司。詹事府增置资德院。翰林院复设承旨。改侍读、侍讲学士为文学博士。设文翰文史二馆。殿阁大学士并去大字，各设学士二人。改谨身殿为正心殿，增设正心殿学士一人。提高太仆寺少卿丞，鸿胪寺少卿丞品秩。增置亲王宾辅等官。升国子监丞为堂上官，等等。
另外，方孝孺还建议仿周礼更定晶官阶勋，增损洪武礼制。
应该说，上述官制、勋阶的改定，有些意义不大。但也有不少改定体现了惠帝和方孝孺以仁义礼乐化民的治国思想。例如，洪武朝用重典治国，诉状繁多，故改御史台为都察院，与刑部分治庶狱。建文朝行宽政，因此将都察院改为御史府，专以纠贪残、举贤良、匡政事、宣教化为职，这就纠正了以往“法吏持刑深刻，犯者滋重”的苛政之弊。再如，明太祖废丞相后，六部尚书分掌天下各项政务，地位非常重要，可是明太祖只定其品秩为正二品，而中央五军都督府的左右都督却定为正一品，这显然是“专意右武”政策的反映。同样，国子监乃“礼义所由出，人材所由兴”之所，但国子监祭酒只是正四品，监丞只是正八品，而掌马政的太仆寺卿却定为从三品，轻文倾向也十分明显。如今升六部尚书品秩，升国子监丞为堂官，正是纠正洪武朝所定官秩的不合理处，同时也寓有朝廷重礼义、兴教化之意。正如惠帝所说：“六卿果可卑于五府耶？祭酒犹可在太仆下耶？假令皇祖而在，当必更定为是。”至于改谨身殿为正心殿，也体现了方孝孺所谓人君之学“必以正心为本”的深意。
在更定官秩的同时，惠帝和方孝孺在一起又大力精简机构，省并州县，革除冗员。几年间，撤消了九个州、三十九个县以及一大批冗官冗吏和税务机构，从而减轻了人民的负担。
综上所述，建文朝改革了洪武时期的不少弊政，给社会带来了新气象。据《明书》作者傅维麟说：“南京故老言，建文中，法网疏阔，道不拾遗，有得钞于尘土中，辄拂之置高台处，以石镇之而去。一时士风朴茂，尚义者多。”所以后人有“四年宽政解严霜”之誉。应当说，这一切与方孝孺的辅佐之力是分不开的。正当方孝孺佐惠帝行新政之际，明王朝祸起萧墙，王室内部—场争夺皇权的战争爆发了。
取义成仁 以身殉君
朱元璋曾认为元朝灭亡的一个重要原因是宗室孱弱，所以他称帝后即把二十四个儿子和一个孙子分封为藩王，分布各地以夹辅王室。这些藩王领有护卫甲士，少者三千人，多者一万九千人。明初，退往塞北的蒙古贵族不时南下，图谋兴复，明太祖为了加强边防，同时希望子孙能够熟悉兵事，就规定分封于边塞的诸王皆参领重兵。而封在太原的晋王朱榈和封在北平的燕王朱棣尤负重任。他们屡次领兵出塞，并筑城屯田，大将宋国公冯胜、颍国公傅友德皆受节制。老谋深算的明太祖为了防止将来朝臣篡夺朱家天下，还赋予诸王“移文取奸臣，举兵清君侧”的大权，从而为后来的皇位之争埋下了祸根。
惠帝登基后，鉴于北方诸王“拥重兵、多不法”的状况，采纳了。兵部尚书齐泰、太常寺卿黄子澄的建议，决定削藩。“未及期年，削夺五王”，有力地打击了藩王的势力。朝廷正待向燕王开刀时，燕王却先下手了。
燕王朱棣是明太祖第四子，洪武三年(1370年)受封，十三年(1380年)就藩北平。由于他屡率诸将出征，并能节制沿边兵马，因此威名大振。对于朱允文的继位，他心怀不满。明太祖病重时，曾遗诏“诸王临国中，毋至京师”，但燕王却偏偏自北平前来奔丧，企图窥察朝中动静，后虽被止，但却暗中与诸王联络，图谋取而代之。僧人道衍即姚广孝也劝朱棣起兵。于是朱棣暗中选将校，召军卒，收材勇异能之士，令道衍在王府后苑练兵。他们还挖掘地道，日夜在其中铸造兵器，并蓄养成群鹅鸭来障入耳目。
“燕王之变，削亦反，不削亦反。”这种局面，朝廷是清楚的，也采取了一些防范措施。洪武三十一年(1398年)十一月，朝廷即调工部侍郎张呙为北平布政使、都指挥使，派谢贵、张信掌北平都指挥使司，并伺察燕王。建文元年(1399年)三月，命都督宋忠调沿边各卫马步官军三万屯开平，燕府护卫精壮，悉听调选。同时，以都督徐凯练兵于临清、都督耿谳练兵于山海关，准备和张呙谢贵里应外合，约期攻燕。谁知张信至北平后，却暗通燕王，使燕王得以充分准备。
燕王一面派道士在街衢散布歌谣：“莫逐燕，莫逐燕，逐燕日高飞，高飞上帝畿，”为其大造舆论，一面与道衍积极策划举兵。
建文元年(1399年)七月，朝廷下诏逮捕燕府官属，张呙、谢贵率诸卫士包围燕王府第，燕王以计擒杀呙、贵，正式举兵。他打着“诛齐黄，清君侧”的旗号，称其师为“靖难军”，挥师南下，一场争夺皇权的内战开始了。
消息传来，惠帝立即派遣大军北伐。当北伐失利后惠帝又命方孝孺草诏，赦燕王罪，使其罢兵归藩，并拟宣谕数千言，使人在燕军中秘密散发，企图瓦解燕军。但这一切努力都未奏效，燕王拒不奉诏。
在燕王率兵久围大名、并断绝朝廷军队饷道的情况下，方孝孺又代惠帝草书，遣密使送往留守北平的燕王世子，许以封王，争取燕世子归顺朝廷，以此迫使朱棣撤围归燕。谁知燕世子得书竟不启封，遣密使送往燕王军前。此计又告失败。
尽管燕王气势汹汹，并曾攻下不少城邑，但却旋得旋失，所以鏖战三年，燕王仅据北平、保定、永平三郡而已。战争出现僵持局面。燕王正计无所出，朝中的宦官却帮他摆脱了困境。
惠帝即位后，一向对宦官管教甚严，此时又诏谕地方官，一旦发现宦官奉使横暴、虐害士民即擒送京师。这样就引起那些不法宦官的忌恨。他们先后投奔燕军，向燕王透露了京师空虚的情报，并表示将来燕军兵临京城，他们充当内应。于是建文三年(1401年)十二月，燕王乃改变以往攻城夺地的战略，率军直捣京师。
建文四年(1402年)五月，燕军渡淮水，由天长直下扬州，扬州失守。形势十分危急。方孝孺建议割地议和，以为缓兵之计。惠帝从之。然而，一心想夺取皇位的燕王拒不议和。六月，燕军在瓜州渡江，镇江守将童俊投降。
镇江失守，京师门户洞开。廷臣纷纷劝惠帝出走，以图兴复。方孝孺则坚决主张力守，以待援兵。他说：“即事不济，国君死社稷，正也。”他自己也决心以身殉国。
六月十三日，燕军兵临城下，守卫金川门的谷王朱穗和李景隆开门降燕。与此同时，宫中火起，惠帝在混乱中被烧死。燕王进城的当天，就揭榜殿廷，以齐泰、黄子澄、方孝孺等为“奸臣”。方孝孺被逮下狱。十七日，燕王即位，是为明成祖。
朱棣以藩王称兵夺位，从封建正统思想来看，这是篡逆。他为了收揽人心，要把这次“靖难之役”说成是应天顺人之举，很想将即位诏书写得冠冕堂皇，于是朱棣打算启用方孝孺。其所以如此，又是有它的缘由的。
四年前，当朱棣从北平举兵发难时，道衍送之郊外。临别，跪而密启道：“臣有所托？”燕王问：“何为？”道衍说：“南方有方孝孺者，素有学行，武成之日，必不降附，请勿杀之。杀之，则天下读书种子绝矣。”当时朱棣表示同意。朱棣深知，如今天下文章，方孝孺当为第一，如果能利用他来起草诏书，收揽人心，影响将是很大的。于是他屡次召用方孝孺，但均被拒绝。
这一天，明成祖又派廖镛、廖铭往召。廖氏兄弟是方孝孺的学生，他们向老师说明来意后，方孝孺大怒说：“你们跟我读书已有几年，还不识义之是非!”在他看来，君臣父子的纲常伦理决不能破坏。自古以来，君位相传，以嫡以长。改变了就要大乱。朱棣以藩王夺位，就是篡逆行为，自己怎么能为篡逆者所用呢？明成祖无奈，只好又派镇抚伍云将其强执而来。只见方孝孺全身丧服，悲恸之声响彻整个大殿。明成祖从御座上走下来，婉言对他说：“先生毋自苦，予欲法周公辅成王耳。”方孝孺质问：“成王安．在？”明成祖回答说：“彼自焚死。”方孝孺厉声问道：“何不立成王之子？”明成祖说：“国赖长君。”方孝孺进一步追问：“何不立成王之弟？”在方孝孺的连连逼问下，明成祖一时无言可对，只得吱唔道：“此联家事。”明成祖叫人取来笔札，对方孝孺说：“诏天下，非先生草不可。”方孝孺愤怒地把笔甩掉，边哭边骂道：“死即死耳，诏不可草。”他早就说过，君子处世，生死贵贱，应当以“义”来衡量。“义宜．死也，虽假之以百龄之寿，不苟生也。”今天，为了“义”，他早将生死置之度外了。
明成祖见他不屈服，立即显露出专制帝王的淫威，恐吓方孝孺：“独不畏九族乎？”方孝孺义无反顾，抗声答道，“便十族，奈我何？”明成祖还要他草诏，方孝孺乃取笔大书“燕贼篡位”四字。明成祖大怒，又将他投入监狱。
为了迫使方孝孺屈从，明成祖将其亲属全部抓来，如果方孝孺：还不投降，就将他们当场杀戮。威逼之际，方孝孺仍然边哭边骂，明成祖令武士用刀抉其吻、剔其舌。顿时鲜血如注，方孝孺仍含血喷明成祖。明成祖怒不可遏，下令将其磔杀。
六月二十五日，方孝孺从容走向刑场，并作《绝命词》一首：“天降乱离兮，孰知其由？奸臣得计兮，谋国用犹。忠臣报国兮，血泪交流。以此殉君兮，抑又何求!呜呼哀哉兮，庶不我尤!”方孝孺终于将自己的一腔热血献给了他所效忠的君王。这一年，他仅四十六岁。
方孝孺兄方孝闻，力学笃行。方孝孺曾说：“我所以粗知斯道者，非特父师之教，抑亦吾兄之训饬也。”他先方孝孺病死。弟方孝友与方孝孺同时被绑赴刑场。方孝孺看到弟弟行将受戮，手足之情，不能自己，多少往事，涌上心头，眼泪不禁潸潸而下。方孝友见此情景，赋诗一章以明心志：“阿兄何必泪潸潸，取义成仁在此间。华表柱头千载后，旅魂依旧到家山。”时人以为方孝友不愧为方孝孺之弟。
方孝孺的妻子郑氏及两个儿子中宪、中愈先已自杀。两个女儿被逮路过淮河时，双双投河而死。
明成祖将方孝孺九族诛尽，为了凑足十族，又将方孝孺的朋友、门生并为一族，皆磔于市。仅此一狱，被杀者多达八百七十三人，至于谪戍荒徼而死者不可胜计，这充分暴露了明成祖的专横和残暴。
方孝孺以身殉道，取义成仁，虽诛十族而不悔，这在儒家正统观念看来，确是大忠、大节。所以到了洪熙年间，仁宗就为他平了反。说“若方孝孺辈皆忠臣”。万历初年还诏许为其褒录建祠。方孝孺的气节愈来愈受到封建统治者的褒扬。
其实，方孝孺这种宁死不事明成祖的气节也不值一赞。谁当为君？正如明成祖所说：“此朕家事。”今天，我们自然无须以此定是非。事实表明，明成祖在位二十余年，他所实行的一些政策，在一定程度上有利于社会经济的继续发展。永乐时代是“洪武之治”的继承和发展。诚如旧史家所说：明初，“高(太祖)、成(祖)肇造，享国长久，六七十年间，仓廪赡足，生齿繁殖”。因而明成祖也和明太祖一样，是一个值得肯定的人物。而当初那些迎附明成祖的所谓失节之臣如杨士奇、杨荣、杨溥等，恰恰在永乐、洪、宣时期做出了重要贡献，成为一代名臣。因此后人曾十分婉惜地说：“使(方孝孺)稍稍迁就，未必不接迹三杨。”此话不无道理。但方孝孺却囿于儒家的正统观念，在皇家叔侄易位之际，做出了以死殉君的抉择，并且“自分一腔热血少，尽将赤族报君王”，这不能不是他的悲剧所在。