藤原氏恐怕是日本最著名的贵族姓氏，这一姓氏是天智天皇感念中臣镰足在大化改新中的功劳赐予中臣一族的。中臣镰足的次子祖藤原不比等被认为是日本藤原氏的实质性始祖。但祖藤原不比等的身世在历史上却存在谜团，有很多记载认为他其实是天智天皇的私生子。
698年（文武天皇二年），文武天皇下诏：“先朝所赐藤原朝臣之姓，应该由藤原镰足之子藤原不比等继承。藤原镰足其他的儿子等供奉神事，应该恢复旧姓中臣朝臣。”因此，藤原不比等也被认为是藤原氏的实质性的始祖。由于拥立了文武天皇，又使女儿藤原宫子嫁给了文武天皇，藤原不比等逐渐掌握政治实权。
《大镜》、《尊卑分脉》、《公卿补任》等文献记载，藤原不比等是天智天皇的私生子。《公卿补任》关于藤原不比等的部分，记载有“有传言说实际上是天智天皇的皇子，内大臣大职冠镰足的次子一名史，母亲是车持国子君之女、与志古娘也、车持夫人”。《大镜》中记载了天智天皇在怀孕的女御发还给中臣镰足之际，说：“生下的孩子如果是男孩，就给他作儿子，如果是女孩，就是朕的。”当男孩出生后，即是藤原不比等的出生。《尊卑分脉》等有同样的记载。到了平安时代，这个传说被认为有相当的可信性，《竹取物语》中，向辉夜姬求婚的5个贵公子中，有一个车持皇子的原型就是藤原不比等。车持皇子的名字意味着母亲是车持氏出身的皇子。
在历史学者之间，认为藤原不比等是皇子的很少。但如果藤原不比等是皇子的话，其后藤原不比等出人头地的特例也就说得通了，可以作为天武天皇、持统天皇两朝皇亲政治（由天智、天武系皇子就任朝廷的要职，掌管政治中枢的政治形态）的延伸，也有从这个角度出发，认同藤原不比等是皇子的学者。