刚刚建立东晋时，那些不服司马睿成为皇帝的人，司马睿都是派王敦去征服的，司马睿本来就是个有野心的人，所以，他一边奉司马睿的旨，平复那些叛乱，一边发展自己的势力，自己任命官员，而且官员都是他的亲信。这就使司马睿在外面的势力大大缩减，甚至是没有。

　　尤其是在司马睿的晚年时期，王敦将那些身居要职的官员都换成他自己的同姓族人，例如，将荆州、江州、徐州等地的刺史都换成了姓王的人。本来司马睿就因为自己的王位是王敦和王导扶持上来的，而将王导和王敦的官位提得很高，王导官位是尚书，是宫中行政方面的重要人物，再被王敦这么一安排，整个天下几乎都被王家给占据了。而作为真正的君主的司马睿，却是被像囚犯一样地被囚禁在了宫中，外面的重要消息他都是王姓一族转述给他的，而关于决策，大多数大臣也会听王导一说，所以，他的晚年就是被囚禁在位的囚犯。

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