1912年冬，隆裕太后患病，胸腹隆然高起，日渐肿胀，经太医佟质夫、张午樵二人诊治后，时发时愈，1913年旧历正月初十，是她45岁生日。民国总统袁世凯派梁士诒代表觐贺，她勉强出御正殿受贺，见梁用外国使臣觐见的礼节祝贺，不免悲从中来，且宗室王公大臣多半回避，不肯入贺，殿上不过寥寥数人，昔年权柄在握时的盛景全非，不禁愁病交加。再加上那天气候晴暖，殿中所用素炉热气过高，感受炭气，致使病情加剧，退朝后即感不支，手足如冰，盖被三四重还怕冷，病势日重一日，拖至2月21日(旧历正月十六)晚，她便不省人事，气息奄奄，已是弥留，到了夜间，回光返照，开眼瞧见宣统帝在侧，不觉呜咽道：“汝生帝王家，一事未喻，国已亡了，母又将死，汝尚茫然，奈何奈何?”说至此，喉间又哽咽起来，歇歇后，发最后的凄声道：“我与汝要永诀了。沟渎道涂，听你自为，我不能再顾你了。”言讫，已不能言。

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　　内务府总管世续、参政院长溥伦、光绪弟载沣闻讯入宫，溥伦拟由载沣掌管宫中事物，但照例要“述旨”，那时隆裕处于昏迷中，世续大声陈述，但她一直未醒，最后是小德张跪伏在她枕边所：“世续等人，因太后欠安，宫中事物，请旨命醇亲王载沣管理。”说了几遍，她才略微清醒，微微点头，继而呻吟说：“叫皇帝来!”按班抱溥仪至床前，但见隆裕双目直视，口中很想说话，偏被痰塞住喉中，只用手指着宣统帝，眼眶间尚含泪莹莹，霎时间阴风惨栗，烛焰昏沉，清末代太后隆裕，两眼一遍，撒手归天去了，享年46岁。时为1913年2月22日晨2时。

　　隆裕逝世后，民国政府派员致奠并会办丧事，备极哀荣，3月在太和殿举行公祭，袁世凯派总统府高等顾问荫昌等入祭，载沣殷勤答礼，原翰林院编修梁鼎芬入宫抚棺痛哭。北京各界由国民党理事、临时参议会议长吴景濂主祭。