孔子说过：上教之不行，罪不在民也。要使百姓不触犯条令，不如先行上之教。行上之教，就要首先师检查总督巡抚。这样巡抚可能会说：‘问题师是在于那些吏员。如果吏员清廉能干，不加派火耗税收，理事时就不会贪赃受贿，也不会搜括百姓，百姓也就不致于因触犯刑法而痛苦。’倘若官吏没有这样的能力，这就可以说是对上有罪。当然，也并不完全是官吏的罪过。上司清廉，则吏员自然不敢贪赃犯法，上司如贪赃不法，吏员虽然也想廉洁，然而却是不大容易办到的。凡是官吏加派火耗，贪赃受贿，搜刮百姓，他每天就忙碌于察言观色，逢迎上司，又哪里有工夫去行上之教呢？百姓看到吏员的所做所为，就会说：‘这样的人还能教导我吗？’管教不听，就用刑法。群吏这样做，是总督巡抚导致他们这样做的。所以，当今首要的是总督巡抚要人选合格。他们要不为利欲所动。自己身正，才能管好吏员，吏员也不必整日想着如何曲意逢迎、巴结上司，都留心为民办事。百姓就能够休养生息。”他还建议，应给督抚下一通令，凡保荐州府县官，必须考察他们有没有不法行为。对违犯者严加惩处，这就会起到以一儆百的作用。对于巡持总督的考察，则要看他是不是廉洁奉公，为群吏做出了榜样。
陈廷敬的上疏，被朝廷采纳了，并根据他所提内容，规定了若干条文，下谕实行。
过了一段时间，云南巡抚王继文以军饷为名，动支库银并私自贪污。陈廷敬以其溺职不忠，前后银数赢缩相悬，上疏弹劾。
康熙二十五年(1686年)，他任工部尚书。同学士徐乾学奏进《鉴古辑览》，康熙认为这本辑览有参阅价值，决定留下来通读。他在工部尚书任内，还纂辑三朝《圣训》、《政治典训》、《方略》、《一统志》、《明史》等，陈廷敬并充总裁官。
康熙二十九年(1690年)，清廷又起用陈廷敬为左都御史，直至文渊阁大学士兼吏部尚书。
康熙四十九年(1710年)，皇帝下诏，命令张玉书、陈廷敬领导编纂一部大型字典。第二年，张玉书病逝，陈廷敬独任总裁官。这部大字典组织了三十多人的编辑班子，陈廷敬的儿子陈壮履也在其中。父子留名于一书，一时传为美谈。这部字典是在前人《字汇》和《正字通》的基础上增补充实而成的，共收四万七千多字，是我国古代历史上收字最丰富的字典。后来定名为《康熙字典》。虽然字典问世时，陈廷敬已经去世，但他为编纂这部字典所付出的心血和作出的贡献，为后人所敬仰。
陈廷敬一生著述很多，有《午亭文编》、《尊文阁集》、《河上集》、《杜律诗》、《老姥掌游记》、《三礼指要》、《说岩诗集》等。他的诗风格“清雅醇厚”，很得康熙皇帝的赞赏。
康熙五十一年(1712年)三月，陈廷敬病的很严重，康熙遣御医前往诊视。很不幸，到了四月他就去世了，终年七十三岁，康熙率大臣侍卫奠洒，并令各部院满、汉大臣前往吊祭。康熙皇帝亲笔写了挽诗，赐祭葬典礼，十分隆重。谥曰文贞。生前身后获得皇帝如此敬重，几近完人！