顺治16年(1659)，清朝四川巡抚高民瞻再次率军攻入成都。顺治17年(1660)四川巡抚佟凤彩始在成都建立官署，开始恢复城市建设。。

　　重庆为川东政治、军事、经济重镇。清军也于顺治四年(1647)春开始，到康熙二年(1663)止，与抗清武装对重庆进行反复争夺，付出巨大代价。康熙二年，清政府才在重庆补筑通远门，开始恢复城市建设。

　　1986年的《四川简史》更是认为1665年，下川东战事结束，至此全蜀才归于清王朝统治。

　　从清军攻入四川的1646年到1665年，清军下东川战事结束已接近二十年，在这么长的时间里，抵抗清军的难道是鬼魂吗?

　　八年以后，1673年，吴三桂于云南“反清复明”，四川借此良机再次响应，以图将满清统治者赶走，平定吴三桂之乱时四川又受到一次屠龘杀，难道这些响应的人也是张献忠杀绝的鬼魂?

　　张献忠杀人数据一直不准，很多传记也是清中期补齐的张献忠把人都杀完了，所以满清进四川一定是和空气在战斗。一个栽赃的著名例子：满清的“七杀碑”传说。满清说张献忠不仅杀人如麻，还在他杀人的地方立了个碑，碑上写有：

　　天生万物以养人

　　人无龘一善以报天

　　杀、杀、杀、杀、杀、杀、杀

　　但后来，在广汉的一个公共墓地里，出土了张献忠的“圣谕碑”。碑文上却是：

　　天生万物与人

　　人无一物与天

　　鬼神明明，自思自量

　　制造“弥望千里，绝无人烟”惨剧的决不是张献忠，而是当时的满清军队。