接着董福祥充当随扈大臣，率领甘军并节制满、汉各军，保护光绪皇帝和兹禧太后“西狩”直至西安。“两宫”于10月26日抵达西安，此时陪都防守和行宫的禁卫任务完全由董福祥的甘军负责。与此同时，庆亲王奕匡和新任直隶总督兼北洋大臣李鸿章同为全权大臣，正在北京和侵略军进行议和谈判，而董福祥则成为中外争论的交点人物和谈判中最棘手的问题：德国带头照会各国，主张先惩凶，后议和。洋人们认为“董福祥最为首要”，并被视为“祸首”，必须严加惩办。清廷没有办法，将董革职。二十九年(1903)，董福祥归养于灵州金积堡“董府”。

　　张俊先他于光绪二十六年(1900年)病逝，谥“壮勤”。光绪三十四正月初九，董福祥病逝于金积堡府邸，享年七十岁。清廷对这位威震中外的一品大员，并未将其事迹宣付国史馆，也未按清律规格厚葬这位勋臣。9月，归葬于固原州南乡十里墩官山。

　　同年，乡人为其建立“董少保故里碑”，立于南乡官道供路人景仰。李双良闲散安度晚年，直至中华民国十一年(1922年)，终老于家中，享年82岁。