九年(1870年)2月14日，刘松山不听董的劝告，亲自前往招抚训话时，被暗枪击中要害，在弥留之际，他招董入帐说：“悔不听尔之言，致贼中要害。吾死矣，三湘子弟随吾深入不毛，犹子锦棠于军事，尚有经验，可辅则辅之，不然，尔自为之。”董也流泪说：“不敢有二心。”刘松山死后，侄儿刘锦棠接统湘军，他尊老帅之言，更是遇事必向董福祥问计，甚至在私相见时，“必以父执之礼尊之”。

　　董福祥也誓为知已而死，成为陕甘回军的一大克星和死敌。12月，马化龙领导的金积堡回民反清斗争最终失败了，董福祥由五品军功“超授都司”、赏戴花翎、加副将衔。张、李都有升赏，“董字三营”成为清军的主力部队。

　　八国联军侵华 董福祥领命反抗

　　光绪二年(1875)，为了斩断英、俄帝国主义势力和阿古柏侵略者伸向新疆的魔爪，清廷任命左宗棠为钦差大臣、督办新疆军务，指挥大军西征。刘锦棠统领老湘军马步二十四营为西征大军主力，“董字三营”充当老湘军的先锋部队。此时董福祥和张俊、李双良都已被提升为副将，他们各率所部，行进在西征大军的最前列。新疆北路光复后，董福祥“赏记名总兵，并授阿尔杭阿巴图鲁名号。副统领张俊，亦赏记名总兵和正二品封典。”因左宗棠奏请，又加董福祥提督衔，并赏穿黄马褂。

　　二十年(1894)，清廷为慈禧太后大办六旬庆典，光绪皇帝颁谕旨，钦点各省文武大员41人进京，作为全国军地的代表参加贺寿大典活动，董福祥赫然荣列其中。在京时，董被赏加尚书衔，命他回甘肃省招幕旧部马步十八大营，移驻通州(今北京通县)，担任京津防务。

　　就在这期间，甘肃爆发了“河湟事变”，西北回民大有再燃反清烈火之势。由于中日甲午战争大局尚未全部了结，大量东调陕甘兵仍留驻内地，甘肃防务十分空虚，陕甘总督杨昌浚电奏朝廷：“请饬董福祥率全部星夜回甘”。清廷任命董以喀什噶尔提督身份督办甘肃军务。

　　为了稳定陕甘局势，清廷改任董福祥为甘肃提督，由张俊接任新疆喀什噶尔提督。第二年3月，董福祥又用两月时间，再次平定了青海，震撼西北的河湟事变，全部告平。因此，清廷加封他太子少保衔，并赏赐骑都尉世职。董福祥终于爬进了清朝统集团最高核心圈子的边缘，逐渐成为“两宫”信赖而权倾一时的朝廷重臣和柱石。

　　董福祥成为镇压戊戌变法的帮凶

　　二十四年(1898)，清廷再次调董福祥甘军移防近畿，成为镇压戊戌维新运动的帮凶之一。戊戌政变之后，西太后复出“训政”，由太后心腹大学士、直隶总督兼北洋大臣荣禄领导组建武卫新军，用以支掌清王朝将倾的大厦。

　　公元1900，在中国处于被列国瓜分、民族危亡的关头，爆发了以农民为主体的义和团反帝爱国革命运动。这位不懂政治的一介武夫，只知看“老佛爷”的眼色办法，曾与义和团相配合，在廊房共同阻击西摩尔带领的八国联军，此战“为庚子之役第一恶战”。

　　但是，最后，八国联军终于打败了中国的军队，于8月13日攻至北京城下。在这种非常时刻，京城内外神机、虎神和各地勤王之师“约六七万人，皆已散灭无踪”，唯董福祥率甘军和部分义和团舍命与外国侵略军顽强血战。“在北京失陷前的一分钟，董福祥的甘军还在东直门、朝阳门一带与联军肉搏，”直到京城完全失守后，甘军才从彰义门撤出北京。