其实唐太宗对侯君集谋反之事早有察觉，起初，唐太宗让李靖教授侯君集兵法，侯君集对太宗说：“靖且反，兵之隐微，不以示臣。”唐太宗又问李靖，李靖说：“方中原无事，臣之所教，足以制四夷，而求尽臣术，此君集欲反耳。”(《新唐书·侯君集列传》)
后在平定高昌的庆功宴上，江夏王李道宗也曾对唐太宗说：“君集智小言大，举止不伦，以臣观之，必为戎首。”唐太宗问道：“何以知之？”李道宗回答：“见其恃有微功，深怀矜伐，耻在房玄龄、李靖之下。虽为吏部尚书，未满其志，非毁时贤，常有不平之语。”唐太宗说：“不可亿度，浪生猜贰。其功勋才用，无所不堪，朕岂惜重位？第未到耳。”(《旧唐书·李道宗列传》)，对待侯君集应是一如既往。
二月二十八日，唐太宗命人画二十四功臣图于凌烟阁，皆真人大小，侯君集名列其中，位于第十七名。
时太子李承乾屡有过失，担心被废。李承乾得知东宫府千牛贺兰楚石为侯君集的女婿，又知侯君集对唐太宗一直有积怨，便多次让贺兰楚石带侯君集到东宫，向他询问自保之策，侯君集认为太子愚昧低能，便想乘机利用他，于是劝李承乾谋反，参与了李承乾的谋反集团。曾举起手来对太子说：“此好手，当为用之。”(《旧唐书·侯君集列传》)此外还派遣贺兰楚石对李承乾说：“魏王得爱，陛下若有诏召，愿毋轻入。”(《新唐书·侯君集列传》)李承乾非常赞同此言。用重礼贿赂侯君集以及左屯卫中郎将、顿兵人李安俨，让他们刺探唐太宗的心思，一有动静便告诉他。
侯君集自从参与此事后，为此事焦虑不安，常在睡梦之中突然跳起来，长时间地唉声叹气。其妻感到奇怪，便对他说：“公，国之大臣，何为乃尔？必当有故。若有不善之事，孤负国家，宜自归罪，首领可全。”(《新唐书·侯君集列传》)但侯君集此时已是箭在弦上，不得不发了。
四月初一，李承乾的行动被人告发，侯君集被下狱，此时贺兰楚石又告发他谋反的事。唐太宗召见侯君集说：“我不欲令刀笔吏辱公，故自鞫验耳。”侯君集起初不认罪。唐太宗便召见贺兰楚石详细陈述始末原委，又拿出与李承乾来往的书信启给他看，侯君集理屈词穷，只得服罪。侯君集依律当满门抄斩，但侯君集在战争年代战功卓著，一直是唐太宗的心腹大臣，所以唐太宗不想杀侯君集，便对文武百官求请道：“往者家国未安，君集实展其力，不忍置之于法。我将乞其性命，公卿其许我乎？”但大臣们都认为：“君集之罪，天地所不容，请诛之以明大法。”唐太宗只好对侯君集说：“与公长诀矣，而今而后，但见公遗像耳！”(《旧唐书·侯君集列传》)说罢，潸然泪下。侯君集也磕头表示服罪。
四月初六()，侯君集因谋反被杀，并没收了他所有的家产。临刑前，侯君集从容不迫，对对临斩官说：“君集岂反者乎，蹉跌至此！然尝为将，破灭二国，颇有微功。为言于陛下，乞令一子以守祭祀。”(《旧唐书·侯君集列传》)唐太宗闻闻，特意开恩，留下了他的妻子和一个儿子，将他们迁到岭南(今广东钦山港)。
侯君集也确有宰相之才，魏征就曾向唐太宗推荐过侯君集，让他任仆射，并说：“国家安不忘危，不可无大将，诸卫兵马宜委君集专知。”(《资治通鉴·卷第一百九十七》)但唐太宗认为君集喜欢自我夸耀，所以没有重用。
“侯君集摧凶克敌，效用居多；恃宠矜功，粗率无检，弃前功而罹后患，贪愚之将明矣。”(《旧唐书·侯君集列传》)
侯君集一直作为李世民的忠实追随者而备受器重。他和秦叔宝、尉迟恭不同，不是以骁勇而充当李世民的打手；他又和二李不同，他从头到尾都是秦府的人。同时，他的祖辈是关陇军事贵族集团中的成员，这也是他受信任的一个重要原因。
在玄武门之变中，侯君集扮演了一个非常重要的角色，促使李世民的最终决策，并且是李世民进入玄武门随行九人之一。史称“建成、元吉之诛，君集之策居多”。这从事后的封赏也可看出，侯君集食邑千户，仅次于尉迟、房、杜、长孙几人，而在诸将之上。（李靖当时是五百户）。贞观十一年，李世民封建功臣，侯君集被封为陈国公。
李世民即位后，侯君集一直握有很大的兵权。贞观四年，又以兵部尚书参与朝政而入相。他虽然出身行伍，但是被重用后，开始认真读书，后来他还担任吏部尚书主持典选，工作比较出色，得到舆论的好评。
侯君集在贞观时期参与了两次较大规模的战争。第一次是贞观九年由李靖总指挥的灭吐谷浑之战。他在此次战争中担任一支方面军的指挥官----积石道行军总管。战争初期，由于吐谷浑可汗慕容伏允实施坚壁清野的防御政策，致使数道唐军因补给不济而退保鄯州。这时，鄯州道行军总管任城王李道宗提出，“柏海近河源，古未有至者。伏允西走，未知其在，方马癯粮乏，难远入，不如按军鄯州，须马壮更图之”，侯君集以为不妥，他认为“王师已至，而贼不走险，天赞我也。若以精兵掩不备，彼不我虞，必有大利。若遁岨山谷，克之实难。”主张趁敌人未注意以精兵追击。这个提议得到主帅李靖的支持。果然，李道宗很快追上了伏允，大败之。后来李靖兵分二路，侯君集和李道宗负责南线战场。“君集、道宗行空荒二千里，盛夏降霜，乏水草，士糜冰，马秣雪。阅月，次星宿川，达柏海上，望积石山，览观河源”。李靖、李大亮等北上，李靖部将薛万彻等追伏允至土伦碛深处（今塔克拉玛干沙漠），成功结束了战争。
这次战争充分显示了侯君集清醒的战场意识以及较出色的指挥才能。
虽然侯君集后来担任过防御吐蕃的当弥道行军大总管等总指挥职务，但是最终另他成为李靖以后军队第一号人物的战争是贞观十四年灭高昌之战。
高昌曲文泰本是汉人，贞观初也曾入朝唐朝，其治国一套基本也是中原王朝的方法。但是后来与西突厥勾结阻断了丝路，并且扣押侨民，从而激怒了唐朝。贞观十四年，李世民以侯君集为交河道行军大总管，带领薛万均、萨孤吴仁、契苾何力、牛进达诸将奔袭高昌。此战的行军环境，可由曲文泰口中得知：“唐去我七千里，碛卤二千里无水草，冬风裂肌，夏风如焚，行贾至者百之一，安能致大兵乎？使能顿吾城下一再旬，食尽当溃，吾且系而虏之。”“曩吾入朝，见秦、陇北城邑萧条，非有隋比。今伐我，兵多则粮軵不逮；若下三万，我能制之。度碛疲钝，以逸待劳，卧收其弊耳。”和这里相比较，贞观四年在长城附近的定襄、云中进行的灭东突厥之战的情况不知道要好多少倍。这也是唐第一次大规模远距离深入西域作战，其补给难度可想而知。然而出曲文泰所料，当他还在做春秋大梦的时候，唐军已经到达碛口。惶遽之下，曲文泰竟然一命呜呼。侯君集并未趁机进攻，而是按照古名将的做法“礼不伐丧”。这里面或许含有侯君集借机休整军队的意图。当高昌国一切整顿完毕后，侯君集发起总攻，众将戮力合作，最终迫使高昌新国王曲智盛投降。
唐灭高昌的意义在于打开了西域之门，为唐朝征服中亚奠定了基础，同时巩固了丝路贸易，加速了唐朝成为世界大国的步伐。在这片新征服的土地上，唐朝迅速建立起行政机构----安西都护府，以驸马都尉乔师望为首任长官。
高昌战后的侯君集站在了他的事业最高峰，但是好景不长，三年后，他就被处以极刑。导致他覆亡的原因是他参与了太子集团的谋反活动。有意思的是，在此之前，很多人都有过预言说侯君集谋反，包括李靖、李道宗、张亮。除了张亮，其余二人未必有什么证据，李世民也并不在意他们的话。直到侯君集案发后，李世民都在试图原谅他，但是遭到群臣的反对。在审判侯君集时，李世民亲自到场，怕侯君集受刀笔吏之辱。侯死后，李世民每对其在凌烟阁的画像，都嗟叹不已。由此可见，李世民对侯君集的爱护非同一般。
不过侯君集的性格不好是出名的，生活腐化也非同寻常，他家里专门养了女人以供他每日喝人奶。
姜行本可以说是鲜为人知，他的特色不在于他的战绩，而在于他是一个出色的器械工程师。高昌之战，他作为侯君集的副将。大军在攻城时遇到挫折，他制造了许多工具，使得牢固的交河城得以被攻破。他这类人在唐初还有一位，他就是画家阎立本的兄长阎立德，他是唐攻高丽的装备总工程师。另外，隋朝的宇文恺也是隋唐著名的工匠。
唐琅琊郡公牛秀也参与了高昌之战，牛秀这个名字估计很陌生，但是他的字牛进达应该有很多人会有印象，小说里的“尤俊达”就可能是以他为原型。据其墓志，他也是李世民一手提拔起来的，到了贞观后期成为左武卫大将军，并且以青丘道行军大总管指挥了贞观二十一年的进攻高丽之战，取得较大的战绩，迫使高丽王遣使入朝谢罪。死后陪葬昭陵。