第一种说法是司马迁是因为在给任安的回信中，出现了埋怨的语句，被汉武帝知道之后就下令，秘密处死司马迁了。这个说法中存在很大的漏洞，首先我们能从报任安书书中发现，司马迁并没有写什么埋怨的语句，表达的是自己没有把话数清楚，而导致了汉武帝的发怒。而且后来汉武帝为司马迁平反，还重用了司马迁，让司马迁担任了中书令一职。要是汉武帝下令杀了司马迁，如此反复无常的人，又怎么能做皇帝呢？

还有一种说法是司马迁因为自己的史记能够公开，为世人所知而高兴致死的，这个说话中实在有太多的漏洞，就不再赘述了。另外一种说法是司马迁退居故里，颐养天年，最终无疾而终。这个说法在韩城市司马迁祠内《翟邑侯重修太史庙记》碑文可以查证。

因为司马迁的死没有被明确的记载，而且坊间又有许多的传闻，因此司马迁之死到现在还是一个谜。