万历即位后，平反了一桩明王朝历史上最大的集体冤案，下诏为“靖难”中为建文帝尽忠而惨死的诸臣建庙祭祀，如徐达的长子徐辉祖、被诛杀十族的方孝孺以及卓敬、卢迥等人，并对他们的后裔给予抚恤。

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　　终明一朝，总在不断地制造冤案然后平反，再制造冤案再平反循环。一般说来冤案平反的周期并不长，有些是制造冤案的皇帝自己“拨乱反正”，有的是先帝死后，新皇帝登基后，马上用平反来收拾人心，也就几十年左右。而建文朝诸忠烈被杀是十五世纪初，此时到万历平反，已是十六世纪末，将近两百年，时间也太长了点。

　　为什么经过这样长的时间才给他们平反?

　　大家都知道，明朝的帝系在明成祖朱棣那里拐了弯，发生变故，帝位从长房建文帝那里转移到第四房燕王朱棣那里。朱棣不起兵“靖难”夺了江山，他的后裔不可能当皇帝，万历也顶多是个饱食终日的藩王而已——明朝的历史一旦改写，有没有万历帝朱翊钧这个人存在还难说，万历帝当然要感谢自己祖宗起兵篡位。

　　朱棣当年以“靖难”、“清君侧”之类的名义造反，攻陷了南京城，建文帝化装成和尚远遁，朱棣谎称建文已经自焚致死，自己便坐了皇位。他如此做是想极力宣扬自己不是篡位，而是合理合法地继承皇位。这显然是在玩骗人的把戏，如果自己不想篡位，当时建文的儿子还在，为什么他不做辅佐成王的周公呢?而将人家儿子禁锢了半个多世纪。朱棣无论如何解释，也违反了明朝最重要的政治程序——帝位的嫡长继承制，用现在的话来说，是严重的违宪行为。所以刘伯温的儿子刘璟被朱棣抓获后，依然称朱棣为殿下而不是陛下，而且说:“殿下百世难逃一个篡字。”

　　因此对成祖朱棣来说，帝位继承的不合法是他一生最大的伤疤，谁揭这个伤疤将会得到最残酷的报复，由此也能说明他为什么要诛人家十族那样残忍。明末清初的张怡在《玉光剑气集》中说道:“文皇(朱棣谥号为“成祖文皇帝”)诛杀忠义，不遗余力，虽从来待帝国巨憝，未有若此者。”