尼克松他自己知道，对水门事件一案的调查不会因受牵连的高官辞职而停止。于是他任命国防部长埃利塞特·理查德为司法部长，并授予其任命一位调查水门事件的特别检察官的全权。尼克松本想通过这样的姿态以显示自己在水门事件一案上问心无愧，同时又可有效控制司法机关调查。始料未及的是，理查德选择了哈佛大学的著名法学教授阿奇博尔德·考克斯为水门事件特别检查官，而考克斯本人是一个怀有党派成见的狂热分子，与共和党势不两立。

　　他一上任就向白宫索要有关档案，着手做深入调查。以民主党参议员萨姆·欧文为主席的参议院水门事件特别调查委员会，则要求白宫有关官员随时接受质询，并要求公开调阅总统的有关档案。有人甚至提出传讯尼克松亲自作证。

　　1973年7月12日，尼克松因病住进了海军医院。在他住院期间，他的助理亚历山大·巴特菲尔德向参议院特别调查委员会泄露了“天机”。自1971年3月以来，白宫安装了能自动记录谈话的秘密录音系统，总统在办公室的所有谈话，都有录音磁带备考。

　　特别检查官认为这是证明总统是否有罪的最有力的证据，要求白宫交出有关磁带。参议院调查委员会也提出了同样要求。新闻界抓住这条爆炸性新闻大做文章，公众的反应也极其强烈。尼克松一时急得像热锅上的蚂蚁，他的本能反应是，借助总统享有的特权，绝不交出磁带。

　　而考克斯穷追不舍，竟然点名索要水门事件三天后尼克松同霍尔德曼的的两次谈话录音。尼克松坐守阵地，强调总统有权拒绝特别检查官的征调令，并要求司法部长解除考克斯的职务，从而停止调查，没想到理查德竟拒绝执行总统指令，于10月20日提出辞职，同时，司法部副部长拉克尔考斯也辞职。

　　尼克松措手不及，只好临时指定一名代理司法部长，随后考克斯被代理司法部长解职，水门事件特别检查官办公处也随之撤消，其工作事务交由司法部受理。一时间，公众汹涌的抗议滚滚而来，谴责总统向正义和法律挑战。共和党内不少议员也都感到总统做得过分，要求任命一名特别检查官对水门事件进行调查。尼克松不得不同意。

　　1973年11月，来自得克萨斯的民主党人利昂·贾沃斯走马上任，他依然要征调1972年6月20日白宫的录音磁带为证据，在强大的压力下，尼克松的心理防线正在崩溃。

　　但是从白宫爆出另一个惊人的消息：作为重要证据的6月20日上午的磁带竟然有十八分钟出现空白。分管总统谈话录音的女秘书声称从未做过这样的技术处理，即使工作中有过失，无意中抹掉一些录音，最多也不超过五分钟。

　　1974年2-3月，美国众议院司法委员会开始考虑对总统进行弹劾，经过投票，通过了授权调查尼克松是否犯有可弹劾案的决议。3月1日，联邦地方法院就伪证、密谋或阻挠审判等罪状，对水门事件新的尚未起诉的七名被告予以起诉，包括尼克松的亲信霍尔德曼、埃利希曼和米切尔等。尽管没有直接对尼克松提出起诉，但大陪审团已将之当做“未被起诉的共谋者”。事到如今，尼克松不得不将一些复制的录音磁带交给了众议院司法委员会。该委员会要求提交更多的磁带。这些磁带经过剪辑整理出来的抄本竟长达一千三百页。

　　1973年7月，参议院水门事件特别调查委员会发表了最后报告，开创了由尼克松总统或以他的名义犯下的种种罪名：为使尼克松竞选连任，潜入水门大厦民主党总部安装窃听装置;为防机密情报泄露，白宫小组的特别小组成员夜闯埃尔斯伯格办公室搜集加害他的材料;为掩盖事实真相，用多种方式阻挠调查，包括向水门事件被告支付堵嘴的钱，为打击政敌提出利用有效的联邦工具压制，并草拟了一份“黑名单”。

　　此外，那一段十八分钟的空白，经专家鉴定，是被故意抹掉的。7月30日，众议院司法委员会进行了弹劾总统建议的表决，认为总统不以正当行为防碍司法审判，滥用权利，在白宫设立非法秘密调查小组，蔑视国会传讯，应该受到弹劾和审判，应该被解除职务。