公元322年，一向对朝野拥有野心的王敦以以诛刘隗为名，在武昌起兵，这一战直接杀到了建康，威胁到了统治中心，王敦的行为无疑是为司马睿敲醒了一个警钟，司马睿十分忧惧。而王导为保全王氏家族利益，也暗助王敦。一时间，风云变幻，面对王氏家族的势力，皇帝说话也要软下三分，司马睿“脱戎衣，著朝服”对王敦进行安抚，说尽好话，而在王敦眼里自己“封武昌郡公，邑万户”，打心眼看不起司马睿，其后，王敦还想以不孝而废掉勇武的太子司马绍，后因百官皆不从而作罢。四月，王敦还师武昌，遥控朝政。此后，王敦更加猖狂，以至于司马睿和他的朝廷成了摆设。

　　王敦掌控东晋大权吗，面对司马睿如同傀儡般的皇帝，他根本不放在眼里。在权臣和皇帝之间，王敦始终举棋不定。王氏兄弟是什么时候反目的我们不得而知，推测应该是从元帝司马睿临死前，任命王导为辅政大臣时起。这个遗诏非常奇怪，因为太子司马绍已经24岁了，又不是五六岁的小孩需要辅政。而且如果真要辅政，王敦是二把手，凭什么被晾到一边。这是司马睿精心设置的反间计，也是他死前的最后一击，就是离间王导和王敦的关系。这一招果然奏效，王敦气在心头，对王导开始疑神疑鬼。不久把王导升为司徒，剥夺了他扬州刺史的职务，而由自己兼任扬州牧。两兄弟看似合实则分。其后，两人的关系也进一步恶化，司马睿难得聪明，死前的一个遗诏，居然成功离间了王敦和王导，使得司马氏江山得以延续。