徐福出海并东渡日本这一伟大历史事件，历来为中日学界所重视。中外文献对徐福航海并东渡日本对中日文化交流的重大贡献，都给予肯定性评价。

　　但是有些中日学者也对徐福东渡日本提出了疑问：他们认为，秦始皇灭六国后，中国人为了逃避秦始皇的暴政，大量移民日本，但是这其中并不包括徐福及其率领的童男童女们。徐福的故事只不过是民间传说而已，找不到可靠的历史文献来证明。更有人认为，徐福东渡日本的传说，是日本10世纪左右的产物，并非最先由中国人提出来的，徐福当时到的只是渤海湾里的岛屿，他在日本的事迹、遗迹、墓地，均属后人虚设;还有学者认为日本新宫市的徐福墓和其他遗迹都是后人伪造的。有的日本学者还做了实地调查，进一步证实了这一点。他们认为，徐福东渡日本的传说是由于汉唐以后，日本和尚常到中国散布徐福的故事，被人不辨真伪地记入书中，直到人们对这样的传说深信不疑。

　　另外，又有学者认为，徐福东渡是历史事实，但不是去了日本，而是去了美洲。因为徐福东渡的时间与美洲玛雅文明的兴起相吻合，檀香山遗留下带有中国篆书刻字的方形岩石，旧金山附近有刻存中国篆文的古箭等文物出土，这些古代文物当是徐福这批秦人经过时所遗留的。

　　迷雾茫茫，徐福东渡究竟是不是去了日本，至今仍然是一个解答不出的谜。