皇太极死后就发生了皇太后下嫁摄政王(多尔衮盗嫂)的乱伦事件，而当时皇族视之当然，并不为耻。一直到康熙时期，还曾发生过类似的事件。《清代外史》中记载，康熙年间有位格格是皇太极的幼女，顺治的妹妹，辈分上算是康熙的姑母。顺治遁入空门时，这位格格因为年幼，尚未出嫁。康熙即位后，此女也一直留在宫中，后来，有大臣请求为之遣嫁。康熙听后，说： 现在还谈什么嫁不嫁的，我早已纳为妃媵了。

　　臣属们大吃一惊，说： 宫闱之类乃王化所基，伦常不能紊乱。今公主于皇上乃是父亲一辈，皇上怎么能娶自己的同姓之姑为妃呢? 康熙颇不以为然的说： 未必。所谓同姓不婚，指的是母与姊妹及自己所生之子女，若是姑母辈，既非我母，又非我女，也不是我同生的姊妹，就算纳之为妃，也没什么。 大臣盟听后极为惶恐，力谏不可，但康熙终究还是不听。电视剧《康熙大帝》里有个苏嘛剌姑，恐怕就是由这个事情演绎来的。

　　在历史上的皇帝中，康熙的生育能力是最强的，一生中养育了五十二个子女，实属罕见。康熙一生身体强健，即使到晚年，也是雄风不减当年，其好色之名，时人也偶有语及。据说在康熙年间，名臣张廷玉的弟弟张某在京为官，当时还有另一汉人官宦世家姚氏，两家世代通婚，张某的老婆姚氏，当时号称国色天香，在京中汉人朝官中，其美色在这些人的妻妾中公推第一，张某心里也好不得意。

　　不料有一年皇太后祝寿，诏令汉官命妇也同满人官命妇一同进宫叩祝。后来张家和姚家的女眷便精心打扮，盛装朝服的跟随众人进宫为老太后贺寿。到了之后，康熙也在那里，皇太后很高兴，便在内廷中赐宴，让这些人在宫里好吃好喝，随便游玩，玩了一天才散。出宫后，这些女眷们散后便仍旧乘坐原先的肩舆回家，其他人都安然无恙，只有一家出了问题。当时传闻说某京卿张某的老婆，回来的时候衣服虽然仍旧是原来的衣服，但人却已经面目全非，根本不是原来那个人。张家和姚家虽然知道是怎么回事，却畏祸不敢声张。由此，汉官命妇入宫之例，便从此停止。

　　康熙一生中总共有52个子女(32子20女，其中12子9女幼殇)，是中国历史上子女最多的皇帝。皇帝不用实行计划生育，不过，女儿多点无所谓，但儿子多了就不好办了，毕竟皇位只有一个。清朝前期奉行 有德者即登大位 ，而不是嫡长子继承制。但 有德 这个评价标准在现实中不好操作，远不如血缘关系来得固定可靠。正因为如此，各皇子才为争夺皇位而打得不可开交。本在康熙十四年的时候，皇后所生的皇次子胤礽被册立为皇太子。事实上，在胤礽之前还有一个哥哥，即皇长子胤褆，但由于他的母亲只是一般的嫔妃，而皇次子胤礽的母亲是皇后且年纪轻轻又死了，皇后临死前，康熙十分痛惜，为了满足她的最后愿望，便决定立其子胤礽为皇太子。

　　但是，在康熙四十七年的时候，皇太子胤礽以 赋性奢侈 、 暴虐淫乱 、 语言颠倒，竟类狂易之疾 为由被废。过了一年，又说胤礽 虽被镇魇，已渐痊可 ，恢复了其皇太子的地位。但是，仅仅过了两年，康熙再次以 狂疾益增，暴戾僭越，迷惑转甚 的借口，将胤礽永久废黜并加以禁锢。表面上看来，好像是皇太子得了精神病，但民间多说其真正原因并非如此，而是在康熙四十七年的时候，发生了这样一件触犯圣怒的事。

　　这年，康熙帝出巡塞外，兴致很高，把自己最喜爱的小儿子胤衸也给带上了。但是，塞外毕竟不是皇宫的温室，一行人在路上风餐露宿的，加上气候变化多端，结果出身在深宫大院的胤衸抗不住风寒，在路上就得了重病。康熙帝对此子十分溺爱，一下子变得手足无措，急令御医赶来诊治。在胤衸病重的时候，据说康熙甚至不分昼夜的亲自照料胤衸，还经常把小儿子抱在怀中，但是，胤衸最终还是不治身亡。