好在花园口决堤后不久，国民政府就启动了赈灾。国民政府命屈映光带200万元拨款到河南办理急赈，同时发放医药，控制疫情;在难民经过的地方设立施饭场、施粥场。1938年—1945年间，国民政府各级官员，以及历任第一战区司令长官程潜、卫立煌、蒋鼎文，都曾赴灾区慰问，救济灾民。黄泛区难民与其他难民还被前往西北、西南大后方垦荒，至战争结束，共垦荒1444209万亩，大致相当于花园口决堤时淹没的耕地面积。
对于花园口决堤，在国民政府看来是“功在国家，害在地方”。决堤时，蒋介石也曾对负责指挥决堤的刘和鼎说：“这次决口有关国家民族命运，没有小的牺牲，哪有大的成就，在这紧要关头，切戒妇人之仁，必须打破一切顾虑，坚决去做，克竟全功。”事后，国民政府也将此次决堤，宣传为日军轰炸暴行所致。