后金天命十一年(1626)八月二十一日，努尔哈赤毒疽发作而，死，皇太极继承汗位。关于皇太极是如何继位的问题，有不同的说法。

　　据朝鲜史籍《鲁庵文集》记载：“老汗(努尔哈赤)临死曰：洪佗始(皇太极)能成吾志。终无所命而死。”因而皇太极得汗位，是符合努尔哈赤临终之命的。

　　长期以来，一些明清史专家认为，皇太极汗位是从其幼弟多尔衮手中篡夺来的。清人蒋良骐的《东华录》顺治八年(1651)二月己亥诏内载，多尔衮声称“太宗文皇帝(皇太极)之位原系夺立”，暗示皇太极篡夺汗位。据说，努尔哈赤生前已立多尔衮为嗣子，而皇太极用阴谋狡诈的手段从其幼弟手中夺取了汗位，为去除篡位障碍，还逼迫多尔衮生母大妃纳喇氏死殉。此说受到一些人怀疑，因为努尔哈赤痛恨多尔衮生母不忠，去世前特命她死殉。当时多尔衮才十五岁，既无功业，亦无威望，故不可能立多尔衮为嗣。皇太极即位后，对多尔衮“特加爱重”，大力培养提拔，多尔衮对皇太极的恩育万分感念，尽心尽力辅佐皇太极，勋劳卓著，成为皇太极最得力的助手。总之，皇太极与多尔衮兄弟感情较好，无法想像皇太极对多尔衮干下篡位、杀母的勾当。