四一二政变的影响颇为深远。蒋介石通过这件事赢得了国民党大部分右派的支持，成为了第一巨头。国民党的左派的势力遭到了打击。国民党右派认为共产党破坏北伐，对他们的清扫延缓了统一全国的事业。虽然蒋介石不久后因为北伐失利被迫下野，但很快重掌大权，开始了他在中国的统治。

四一二政变图片

四一二政变对国民党的组织也产生了影响。在四一二政变之前，国民党一共有一百二十一万党员，兼具国共两党身份的人数不足五万。在四一二政变的一年后，国民党只有二十二万党员。1929年，国民党员人数到达二十七万，绝大多数都是军队人员和党政机关人员。这说明四一二政变几乎清楚了国民党左派的大部分党员，国民党可以说是大换血。

北伐前后建立的各种国民党基层组织也被瓦解了，并且恢复非常慢。在1933年，县党部只覆盖全国的百分之十七。只有在城市上层才可以看到国民党党员，国民党在农村的影响力微乎其微。不仅在农民中没有国民党员，在农场基层领导中也鲜有国民党员的影子。

四一二政变让共产党遭受了严重的迫害。陈独秀在政变中一味退让，中国共产党面对国民党的清扫毫无抵抗能力。陈独秀被撤职。中国共产党在政变后走向武装夺取政权的道路，开始组建军队。

四一二政变让杜月笙的势力得到发展。在抗日战争后，杜月笙妄图凭借这个功劳谋求上海市长职位。内战中，国民党败走台湾。杜月笙害怕共产党因为四一二政变追责，逃亡香港。这就是四一二政变的影响。